介绍了机器学习在分子模拟及预测量子力学能量与力学、粗粒化分子动力学、提取自由能面和生成网络方法等应用方面的研究进展,同时探讨了在此领域中的一些挑战。
Nov, 2019
本文综述了机器学习和增强分子动力学相结合的方法,重点讨论了维度缩减、强化学习和流动方法等方面的成功策略,同时探讨了该领域的开放性问题。
Jun, 2023
通过将深度学习与分子动力学模拟相结合,可以有效学习潜在表征并推动自适应模拟,从而实现在超级计算机上以有效的方式折叠蛋白质,相较于传统的模拟方法,获得至少 2.3 倍的性能提升,这为我们理解 DL 驱动的 MD 模拟如何导致在超级计算资源上减少解决方案的时间提供了定量基础。
Sep, 2019
通过将时空物理对称性结合到梯度域机器学习(sGDML)模型中,从高级初步计算中直接构建灵活的分子力场,为实现分子模拟中的光谱精度提供关键缺失成分。
Feb, 2018
本篇论文提出了一种基于局部相互作用模型和主动学习算法的新型机器学习算法,可以在较小的训练集上提供高精度预测,并显著减少异常值误差,从而为材料设计和药物发现等领域提供更有效的高通量筛选方法。
Sep, 2017
用于分子动力学模拟的多时间步积分器的机器学习插值势具有比传统势能更广泛的适用性,通过联合训练两种机器学习插值势进行尺度分离可以实现显著的加速和无损的精度。
Oct, 2023
通过引入机器学习方法,NeuralMD 首次提出了一种能够促进分子动力学和提供准确的蛋白质 - 配体结合动力学模拟的机器学习代理模型,该模型在提高效率方面展现出非凡的成果,并通过稳定度指标超出其他机器学习方法高达 80% 的表现,更具稳定性的蛋白质 - 配体结合预测。
Jan, 2024
本研究基于局部化学环境和贝叶斯统计学习的机器学习模型,提供了一个统一的框架,可以预测原子尺度的稳定性和不同类别的分子的化学精度,可以区分活性和非活性的蛋白质配体,这种方法可以对材料和分子的势能面提供新的洞察。
Jun, 2017
分析转移学习在分子和材料科学中的应用和近期进展,重点关注转移学习方法在高级分子和材料的发现中的应用,不同系统下转移学习框架的构建以及如何提高模型性能,并讨论了转移学习面临的挑战。
Mar, 2024
机器学习在分子模拟中扮演重要且日益增长的角色,OpenMM 分子动力学工具包的最新版本引入了新特性,支持使用机器学习模型进行模拟优化。