用于计算病理学的四叉树图像表示
本文研究了计算病理学的视觉表征学习问题,通过利用来自公共资源的大规模图像 - 文本对和病理学中的领域特定知识。我们首次构建了包含 50,470 个有信息量的属性、涵盖 32 种人体组织下的 4,718 种需要病理诊断的疾病的病理知识树。我们开发了一种基于知识增强的视觉 - 语言预训练方法,通过语言模型将病理特定知识投射到潜在嵌入空间中,并用于引导视觉表征学习。我们进行了全面的实验证明了我们提出的组件的有效性,在不同的下游任务中,包括跨模态检索、病理图块上的零样本分类以及整个切片图像上的零样本肿瘤亚型划分,都取得了显著的性能提高。所有代码、模型和病理知识树将提供给研究社群。
Apr, 2024
本文介绍了一个新的数据集 “Kimia Path24”,该数据集可用于数字病理学中的图像分类和检索,并通过使用 24 种不同的组织纹理的全扫描图像生成了 1,325 个大小为 1000x1000 的测试补丁。通过 LBP,字典方法和卷积神经网络等方法进行了基准测试,结果表明卷积神经网络获得了最高的准确性,41.8%。
May, 2017
本研究提出了一种新的生成模型,通过逐步生长模型学习扩展视野,从而可用于组织分类和癌症患者诊断,实验结果表明,该模型表现优异,并与其他数字病理学常用的方法相比具有优势。
Sep, 2021
本研究提出了三个关键技术贡献,分别为:一种快速的片段选择方法(FPS)用于全切片图像分析,显著降低计算成本同时保持准确性;一种轻量级组织病理特征提取器 PathDino,仅包含五个 Transformer 块和 900 万参数,较其他方法大大减少;一种使用自监督学习的旋转不变表示学习范式,有效减轻过拟合。并且通过在 12 个不同数据集上的评估,证明我们的紧凑模型优于现有的最先进组织病理专用视觉转换器,还验证了其在数字病理学中增强图像分析的鲁棒性。
Nov, 2023
本研究综述了计算病理学在肿瘤筛查、诊断和预后应用方面面临的挑战和前景,给出了从病理和技术角度的图像预处理方法和基于机器学习的方法,以及在乳腺、结肠、前列腺、肺和各种肿瘤疾病场景中应用计算病理学的情况。
May, 2022
人工智能(AI)在大规模数字化临床数据集上训练系统以提高健康结果方面具有巨大潜力。计算病理学作为对诊断和生物标志物具有重大影响的大量显微镜图像数据,处于这一发展的前沿。百亿像素病理学切片由于其巨大的尺寸而面临独特挑战,通常被分成数万个较小的瓷砖进行分析。我们提出了一种新方法,通过在内存中全面高分辨率地同时训练瓷砖编码器和整个切片聚合器来解决这个问题,弥合了输入和切片级监督之间的差距。虽然计算成本更高,但详细的定量验证显示了病理基础模型的大规模预训练的前景。
Mar, 2024
本研究证实数字病理学结合人工智能可以用于疾病诊断以及提高诊断准确率并通过相似案例的可视化检查和计算机多数表决来帮助病理医生。在该研究中,通过搜索最大的公共存储库之一,本文显示出当足够的可搜索案例数量可用于每种癌症亚型时,计算机一致性似乎可以用于诊断。
Nov, 2019
使用自监督学习方法,创建了 Virchow 计算病理学的 632 百万参数深度神经网络基础模型,以解决病理学任务中缺乏数据的挑战,并在病理图像分类、癌症检测和亚型、生物标志物预测等多个任务中表现出色,显示了预训练在病理学图像数据集上的重要性和潜力。
Sep, 2023
本论文提出了一种新的模型结构,将基于补丁的分类模型和整个切片比例的分割模型相结合,以提高自动病理诊断的预测性能,并通过优化方法,使模型部分地进行端到端学习,应用于 WSI 的肿瘤 / 正常预测,与传统基于补丁的方法相比,分类的性能得到了提高。
Oct, 2019
数字化组织切片和人工智能,特别是深度学习的快速进展,推动了计算病理学领域的发展。这篇综述总结了计算病理学领域近期的方法学进展,重点介绍了这些发展如何使临床实践自动化,并可发现新的生物标志物。作者还提供了未来展望,指出该领域将扩展到更广泛的临床和研究任务,并涉及越来越多样化的临床数据模态。
Dec, 2023