Apr, 2023

革新单细胞分析：大型语言模型在细胞类型注释中的威力

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TL;DR使用 ChatGPT 等大型语言模型进行单细胞数据注释是一种有效的方法，能够揭示在之前被忽视的细胞亚型特异性分化路线和关键的生物学问题，特别是在癌症进展、哺乳动物发育和干细胞分化方面的应用前景非常广阔，是单细胞分析领域的重要里程碑。
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发现论文，激发创造
  • ChatCell：以自然语言促进单细胞分析

    通过 ChatCell，我们实现了单细胞分析的自然语言化，为解决单细胞数据的知识壁垒和可扩展性的挑战提供了新的范式，进一步深化了单细胞领域的洞察力，为更加易于访问和直观的探索铺平了道路。

    Feb, 2024

  • scInterpreter: 训练基于大规模语言模型的 scRNA-seq 数据解读器用于细胞类型注释

    该研究探讨了如何训练和适应大型语言模型，以解释和区分单细胞 RNA 测序数据中的细胞类型，初步研究结果表明这些基础模型在准确分类已知细胞类型方面表现出色，展示了大型语言模型作为发现新生物学见解的有效工具的潜力。

    Feb, 2024

  • 生物信息学研究中大型语言模型的评价

    基于大型语言模型（LLMs）的研究和应用在生物信息学领域有着巨大潜力和效力，该研究通过分析各种关键生物信息学任务，证明了 LLMs（如 GPT 变体）在给定适当提示的情况下可以成功处理大多数任务，同时也分析了在复杂生物信息学任务中的局限性。

    Feb, 2024

  • 植物生物学中的大型语言模型

    大语言模型如 ChatGPT 不仅限于人类语言，还可以分析 DNA、蛋白质和基因表达等串联数据，从而生成可应用于复杂模式识别和生物学解释的基础模型，本文评述了不同类型的大语言模型，并展示了它们在生物学领域中的最新应用，同时探讨了这些模型如何在植物界中进行部署。

    Jan, 2024

  • 利用全局生成模型探索蛋白质序列空间

    该研究总结了在蛋白质研究中使用语言模型的应用，包括设计新型人工蛋白质、使用非 Transformer 结构以及应用于定向进化方面。这些成果已经快速提升了蛋白质研究的发展和性能。

    May, 2023

  • 基于大型语言模型的分子发现与翻译: ChatGPT 视角

    本文提出了一种基于大型语言模型的框架（MolReGPT），通过检索式提示范式在上下文中进行少量评估，并利用分子相似性原理从本地数据库检索类似分子及其文本描述来启用 LLMS，用于分子说明翻译以促进分子发现

    Jun, 2023

  • CHATGPT 与语言模型的比较分析

    本文比较了 ChatGPT 在自然语言处理领域中，在机器翻译、文本摘要、问答和语言生成等方面的表现，并使用自由质量（SQ）分数与每个类别中的主要算法进行了比较。通过有效的验证策略，安全性和可大规模采用 LLM 的示例总结了该论文的观点和结果。

    Mar, 2023

  • ChatGPT/GPT-4 研究综述及对大型语言模型未来的展望

    本文对 ChatGPT 和 GPT-4 进行了综合调查，分析了其在各领域的潜在应用，发现 ChatGPT/GPT-4 主要应用于自然语言处理，并在教育、历史、数学、医学和物理等领域具有潜力。同时也提出了伦理问题和未来发展方向。

    Apr, 2023

  • ChatGPT 在生物信息学和生物医学信息学中的应用：第一年回顾

    2023 年，将大型语言模型（LLM）聊天机器人 ChatGPT 应用于各个领域迎来了显著增长；我们调查了 ChatGPT 在生物信息学和生物医学信息学领域的各个部门中的应用情况，涵盖了组学、遗传学、生物医学文本挖掘、药物发现、生物医学图像理解、生物信息学编程和生物信息学教育；我们总结了这个聊天机器人在生物信息学领域的当前优势和局限，并提供了未来发展的潜力方向。

    Mar, 2024

  • ChatGPT：手动语言数据注释终结的开端？ 自动流派识别的用例

    本文研究将 ChatGPT 用于零样本文本分类，重点是自动体裁识别，结合多语言 XLM-RoBERTa 进行测试，结果表明，ChatGPT 在没有看到的数据集上表现优异，在斯洛文尼亚语中的表现不逊于英语，在全语境下表现下降，表明它在较小语言上的使用仍有局限性。

    Mar, 2023