Jul, 2023

基于数据驱动的癌细胞系分子分析信息提取和丰富化

PDF
TL;DR本文介绍了一种新的数据提取和探索系统，可以从癌细胞系的科学文献中提取文本实体之间的深层次语义关系，为现有结构化临床数据提供丰富的语义信息，并自动链接基因组拷贝数变异图与相关实体，以及相关文献证据，从而实现更为快捷深入的文献检索。
biomedical literaturecomputational information extractionsemantic relationscancer cell linesdata exploration portal
发现论文，激发创造
  • 癌症实体关联和分类的机器学习方法

    本研究使用自然语言处理中的实体识别和文本分类的两个主要函数来从生物医学文献中发现与癌症相关的信息，使用机器学习分类器来构建分类模型，并使用结构化查询语言来识别可能导致重要预测的隐藏关系。

    May, 2023

  • 医学文献中表格信息提取框架

    该研究提出了一种从医学文献中的表格中提取数值和文本信息的方法，包括表格检测、功能处理、结构处理、语义标记、语用处理、单元选择和句法处理等七个步骤，F - 度量值范围在 82% - 92% 之间.

    Feb, 2019

  • 通过整合背景知识图谱实现基因表达分类的端到端框架：应用于癌症预后预测

    本研究提出了一种利用背景生物网络信息来构建分类模型的端对端框架，应用于基因表达数据和生物网络来进行癌症预后预测，实验结果表明相比于深度神经网络模型，我们的模型取得了更高的准确性，并通过富集分析鉴定了多种癌症类型的贡献基因和通路，从中识别了已知的生物标志和新的生物标志候选物。

    Jun, 2023

  • 一种用于科学挑战和方向发现的搜索引擎

    本文介绍了一种新颖的从全文中提取和搜索科学挑战和方向的任务，以促进快速知识发现。我们构建并发布了一个专家注释的语料库，并使用我们的数据训练模型来识别 COVID-19 疫情相关的生物医学跨学科工作中的挑战和方向，从而构建了一个专用搜索引擎。我们的实验表明，我们的系统在协助知识发现方面优于流行的科学搜索引擎，并且我们的模型可以泛化到更广泛的生物医学领域和 AI 论文。

    Aug, 2021

  • 利用引文图谱进行科学信息提取

    本文研究了如何利用引文图来提高科学信息提取的准确性，证明结合引文图与文本提取任务能提升科学信息提取的水平。

    Jun, 2021

  • 基因组和临床数据的理论与数据驱动建模的流水线

    本文提出了一种通过将表型，环境和行为数据与基因组数据整合的流程，使用一种概率图模型来理解数据中特征之间的关系，并展示了该流程如何改善乳腺癌预测模型，提供一种生物学可解释性的视图。

    May, 2020

  • 信息提取：在发展中国家超本地金融数据领域的应用

    本研究使用自然语言处理技术，旨在解决获取发展中国家公司财务数据的问题。通过构建专门针对发展中国家金融文本数据的数据集，我们采用基于 Transformer 的 T5 模型进行文本到文本的处理，同时进行命名实体识别和关系提取，达到 92.44% 的准确率、68.25% 的精确度和 54.20% 的召回率。同时，我们还使用 SpaCy 进行序列处理，包括预训练和微调模型的命名实体识别以及使用 SpaCy 的依赖解析器输出和一些启发式方法来确定实体关系，最终实现了 84.72% 的准确率、6.06% 的精确度和 5.57% 的召回率。

    Mar, 2024

  • 大语言模型在提取分子相互作用和通路知识方面的比较性能评估

    利用大型语言模型自动从相关科学文献中提取知识，研究识别蛋白质相互作用、通路和基因调控关系的任务效果，并评估不同模型的性能，讨论了该方法的未来机遇和挑战。

    Jul, 2023

  • ML 基础关键短语提取与验证的科学文本自动标注

    本文提出了两种新颖的自动文本标注方法用于验证机器学习生成的未标记文本的元数据，特别适用于环境基因组学领域。我们的技术展示了利用未标记文本和科学领域的现有信息的两种新方法的潜力。结果表明，所提出的标签分配方法可以为未标记文本生成通用和高度特定的文本标签，其中有多达 44% 的标签与机器学习关键词提取算法建议的标签匹配。

    Nov, 2023

  • 针对网络安全概念的关系抽取框架

    本论文介绍了一种利用半监督自然语言处理和引导式算法从文本中提取安全实体与其关系的方法，并在小型语料库上进行测试，结果表明可以较高准确地实现此目的。

    Apr, 2015