Aug, 2023

更表达性的图神经网络是否在生成任务上表现更好?

TL;DR通过将图生成模型的基本 GNN 替换为更具表达能力的 GNN,我们研究了 GNN 在分子图生成任务中的表现,通过对 ZINC-250k 数据集上的六种分子生成目标在两种不同生成框架(GCPN 和 GraphAF)中的六种 GNN 的性能进行了分析,实验证明先进的 GNN 确实能够提高 GCPN 和 GraphAF 在分子生成任务中的表现,但 GNN 的表达能力并非良好 GNN-based 生成模型的必要条件,此外,我们还展示了使用先进的 GNN 的 GCPN 和 GraphAF 能在其他 17 种非 GNN-based 图生成方法上(如变分自编码器和贝叶斯优化模型)在提出的分子生成目标(DRD2、Median1、Median2)上取得了最先进的结果,这些目标是药物设计中的重要指标。