Sep, 2023

评估大型语言模型在基因集功能发现中的应用

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TL;DROpenAI 的 GPT-4 是一个基于生物医学知识的大型语言模型，能够从嵌入式知识中提出关于普遍基因功能的假设，为基因集分析提供可靠的功能概述和支持。
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发现论文，激发创造
  • 使用大语言模型进行基因集总结

    本研究提出了一种基于 GPT 模型的新的基因集功能摘要方法，该方法使用结构化文本、自由叙述基因概要或直接模型检索等来源来生成 GO 术语列表，但并不能依靠本方法来代替标准术语富集分析，手动筛选方法仍然必要。

    May, 2023

  • 生物信息学研究中大型语言模型的评价

    基于大型语言模型（LLMs）的研究和应用在生物信息学领域有着巨大潜力和效力，该研究通过分析各种关键生物信息学任务，证明了 LLMs（如 GPT 变体）在给定适当提示的情况下可以成功处理大多数任务，同时也分析了在复杂生物信息学任务中的局限性。

    Feb, 2024

  • 大型语言模型对科学发现的影响：使用 GPT-4 的初步研究

    近年来，在自然语言处理方面取得突破性进展的大型语言模型（LLM）的出现，展示了其在包括理解、生成和翻译自然语言甚至超越语言处理的任务方面的卓越能力。本文报告中，我们深入研究了 LLM 在科学发现环境中的性能，重点关注 GPT-4，这一最先进的语言模型。我们的调查涉及药物发现、生物学、计算化学（密度泛函理论（DFT）和分子动力学（MD））、材料设计和偏微分方程（PDE）等多个科学领域。评估 GPT-4 在科学任务上的表现对于揭示其在各个研究领域中的潜力、验证其特定领域的专长、加速科学进展、优化资源分配、指导未来模型发展以及促进跨学科研究至关重要。我们的探索方法主要包括专家驱动的案例评估，提供对模型理解复杂科学概念和关系的定性洞见，以及偶尔的基准测试，定量评估模型解决明确定义的特定领域问题的能力。我们的初步探索表明，GPT-4 在各种科学应用中展示出有希望的潜力，显示出处理复杂问题解决和知识整合任务的能力。总体而言，我们评估了 GPT-4 的知识库、科学理解、科学数值计算能力以及各种科学预测能力。

    Nov, 2023

  • 评估领先的大型语言模型在推理生物学问题中的潜力

    该研究评估了领先的大型语言模型（LLMs），包括 GPT-4、GPT-3.5、PaLM2、Claude2 和 SenseNova 对概念生物学问题的回答能力。结果表明，GPT-4 在逻辑推理方面表现出色，并具备数据分析、假设生成和知识整合等能力，从而有望在生物学研究中发挥作用，但还需要进一步的发展和验证。

    Nov, 2023

  • 结构化知识库在大型语言模型中优化元数据整理的应用

    通过对 200 个描述肺癌人样本的 NCBI BioSample 数据记录进行实验，评估 GPT-4 对于符合元数据标准的建议编辑能力，并通过同行评审过程计算了字段名 - 字段值对的符合精确度，发现辅助 GPT-4 以 CEDAR 模板的文本描述作为领域信息，从 79% 提高到 97%（p<0.01），结果表明 LLMs 与结构化知识库整合后，可以在自动化元数据管理中显示出希望。

    Apr, 2024

  • 生物医学自然语言处理中的大型语言模型：基准、基线和建议

    本研究通过实验验证了 GPT-3 和 GPT-4 在 8 个 BioNLP 应用中的性能表现，并对其识别错误进行了分析，提出了在 BioNLP 应用中使用 LLMs 的建议。

    May, 2023

  • GeneGPT：教导大型语言模型使用 NCBI Web APIs

    本文介绍了 GeneGPT，一种利用 Web 应用程序编程接口解决基因组学问题的大型语言模型（LLMs）的新方法。在经过少量 NCBI API 调用的 URL 请求演示后，GeneGPT 能够提供具有状态良好的结果，并且优于其他一些先进的 LLMs，例如 GPT-3 和 ChatGPT。

    Apr, 2023

  • 基于维基百科风格的调查问卷生成的大型语言模型：在 NLP 概念上的评估

    通过对计算机科学 - NLP 领域的 20 个选定主题进行研究和评估，本文证明了 GPT-4 相对于 GPT-3.5 在产生简明调查文章方面的成功，并揭示了 LLM 在特定领域应用中存在的问题和短板。

    Aug, 2023

  • 基础大型语言模型能辅助进行制药生产调查吗？

    利用历史记录，将大型语言模型（LLM）应用于制药生产调查，提取特定信息并进行语义搜索。

    Apr, 2024

  • GPT-Fathom：基于大型语言模型的基准测试，揭示通向 GPT-4 及其后续版本的进化路径

    通过对 10 + 个主要大型语言模型进行系统评估，并使用 GPT-Fathom 开源工具中的 20 + 个基准测试，本研究为提高先进的大型语言模型的透明度提供了有价值的见解。

    Sep, 2023