Oct, 2023

分类整张切片图像：什么是重要的？

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TL;DR通过系统地研究 WSIs 分类算法的不同设计选择，我们发现全局上下文信息并非越多越好，而是以局部小区域的细节信息为主要特征，此外，相较于在更大的数据集上进行无监督预训练，我们发现在更小、更专注的数据集上进行预训练可以更好地区分输入补丁的微妙差异。
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发现论文，激发创造
  • 克服基于 Patch 学习的限制，用于识别全扫描切片图像中的癌症

    本文讨论如何将深度学习用于对大型 WSI 图像进行癌症检测， 比较分析基于图像块或幻灯片的分类与需要在整个幻灯片上准确定位或分割癌症的方法之间的差异，并提出一种负数据采样策略，可显着降低假阳性率，并在肿瘤范围的错误率上取得 15% 的减少。

    Dec, 2020

  • 领域特定预训练提高全切片图像分类的置信度

    该论文研究了域特定预训练模型对神经胶质母细胞瘤分类的影响和应用性，通过考虑目前最先进的多实例学习模型，CLAM 和 TransMIL，并评估模型的置信度和预测性能，表明域特定预训练有助于提高模型置信度并实现 WSI 基础的神经胶质母细胞瘤亚型分类的最新最佳性能。

    Feb, 2023

  • 无监督互相转换器学习用于多千兆像素全切片图像分类

    提出一种基于相互 Transformer 学习的全无监督 WSI 分类算法，并在公开数据集上进行了广泛实验，证明了该方法在 WSI 分类和癌症亚型分类方面的优越性能。

    May, 2023

  • 基于自我蒸馏的全尺寸图像的更好特征 (BROW)

    基于 BROW 模型，我们提出了一种用于提取 WSI 特征表示的基础模型，通过使用自蒸馏框架预训练的转换器结构，改进模型的鲁棒性，并利用 WSI 的多尺度金字塔来增强其性能，我们在各种器官和组织的 WSI 上进行实验，证实了该模型的有效性、鲁棒性和良好的泛化能力，从而突出了其在 WSI 处理中的潜力和应用前景。

    Sep, 2023

  • 利用组织病理学特征提取器进行全片幅图像生存分析

    利用全幅图像中的丰富信息，基于多实例学习的特征聚合技术可以利用预训练的 ResNet 主干提高准确率，为数字病理学中更强大的预后工具铺平了道路。

    May, 2024

  • 基于 Patch 的卷积神经网络用于全切片组织图像分类

    通过训练决策融合模型以及利用 EM 方法自动定位有效的 Patch，可以实现对肿瘤亚型的分类，其分类精度与病理学家之间的一致性相似，这种基于 Patch 的 CNN 可以比基于图像的 CNN 更好地处理图像分类任务。

    Apr, 2015

  • 上下文感知自监督学习整张切片图像

    本文提出了一种通过将全切片图像 (WHIs) 表示为图来进行肿瘤诊断的方法，使用图卷积网络 (GCN) 捕获 WSI 中的上下文依赖关系，并使用自监督学习获取无标签数据的训练增强。这种方法利用节点表示 WSI 的 patch，是一种包含上下文信息的模型方案，相比于现有方法或基于多实例学习（MIL）的方案实现了性能的提升。

    Jun, 2023

  • 利用语义分割的多阶段病理图像分类

    本论文提出了一种新的模型结构，将基于补丁的分类模型和整个切片比例的分割模型相结合，以提高自动病理诊断的预测性能，并通过优化方法，使模型部分地进行端到端学习，应用于 WSI 的肿瘤 / 正常预测，与传统基于补丁的方法相比，分类的性能得到了提高。

    Oct, 2019

  • 整片切片图像的肿瘤分割：训练还是提示？

    肿瘤分割是肿瘤诊断中的关键任务，本文研究了在组织学中应用全幻灯片图像进行肿瘤分割的深度学习方法，同时利用视觉提示的新范式在三个不同的器官中展示了与传统方法相比相当甚至更好的性能。

    Feb, 2024

  • 应用多示例学习和基于梯度的解释改进全切片成像辅助诊断工具的可解释性

    在医学领域，深度学习方法已得到广泛应用。而深度学习方法面临的下一个重要挑战是解释性，即如何解释模型的决策。本文针对整个切片图像分类的情境，提出了一种基于梯度法、特征可视化和多实例学习等方法的解释性方法，旨在解释如何基于瓦片级别的评分做出决策、如何决定这些瓦片得分以及用于任务的哪些功能是相关的。通过在 Camelyon-16 整个切片图像数据集上进行训练，突出区分性特征的学习，并通过病理学家的验证，我们提出了一种基于提取特征的新型计算解释性幻灯片级别热图的方法。此方法的实验结果显示，该方法可以提高 AUC 的瓦片级分类性能达 29% 以上

    Sep, 2020