EMNLPOct, 2023

生物医学领域的描述性知识图谱

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TL;DR我们提出了一个新颖的系统，从生物医学语料库中自动提取和生成信息丰富、描述性的句子，促进相关知识的高效检索。与以往的搜索引擎或探索系统不同，我们的系统将描述性句子组织为关系图，使研究人员能够探索密切相关的生物医学实体（例如，化学品治疗的疾病）或间接相连的实体（例如，治疗疾病的潜在药物）。我们的系统还使用 ChatGPT 和经过微调的关系综合模型从检索到的信息中生成简明可靠的描述性句子，减少了对大量人工阅读的需求。通过我们的系统，研究人员可以轻松获得高层次知识和详细参考资料，并交互式地定位所需的信息。我们重点介绍了我们的系统在 COVID-19 研究中的应用，说明了它在药物再利用和文献整理等领域的实用性。
发现论文，激发创造
  • 建立 ChatGPT BioMedical 生成文本的信任：基于本体论的知识图谱验证疾病症状关联

    通过构建基于本体的知识图谱，并利用事实检查算法和网络中心性指标，我们从医学文献和 AI 生成内容中提取事实信息，分析疾病和症状之间的关联，并发现 AI 生成内容中的知识潜力，进一步探索新的知识。

    Aug, 2023

  • 基于 BERT 的临床知识提取用于生物医学知识图谱构建和分析

    本研究提出了使用 BERT 模型和条件随机场层从临床记录中提取和分析生物医学知识的端到端方法，包括自然语言处理模型用于命名实体识别和关系提取等步骤，可以用于构建医学知识图谱并用于问题解答。实验结果表明，该方法对于 505 位真实患者的生物医学非结构化临床记录的命名实体识别和关系提取的准确率分别为 90.7% 和 88%。

    Apr, 2023

  • 应用 BioBERT 从生物医学文献中提取基因与疾病的胚系关联以构建知识图谱

    这篇论文介绍了 SimpleGermKG，一种自动构建知识图谱的方法，该方法连接了生殖祖细胞基因和疾病。通过使用生物医学语料库上预训练的 BERT 模型 BioBERT，提取基因和疾病，并提出本体基于和规则基于算法对医学术语进行标准化和消歧。为了表示语义关系，采用了部分 - 整体关系方法将每个实体与其数据源连接，并以图形表示形式进行可视化。最后，讨论了知识图谱的应用、限制和未来对生殖细胞语料库的研究挑战，并展示了结果的图形可视化。

    Sep, 2023

  • 医学语言嵌入的知识转移

    该研究使用分布语义学将结构化知识图谱与非结构化文本相结合，利用概率生成模型预测医学概念之间的新关系，进一步证明该方法可用于医学领域的数据稀缺性问题。

    Feb, 2016

  • 新冠病毒知识图谱：案例研究

    使用知识图谱、机器学习和深度学习等工具，分析 COVID-19 相关的 PubMed 数据集和 CORD-19 数据集，发现专家、生物实体，预测相关疾病、药物候选者、基因突变和相关化合物，从而帮助生物医学研究人员应对 COVID-19 大流行。

    Jul, 2020

  • 生物医学知识图谱嵌入的基准与最佳实践

    利用知识图谱嵌入学习方法，探索在 SNOMED-CT 知识图谱中学习生物医学知识表征的能力，提供性能测试及最佳实践，并强调利用知识图谱多关系特性学习知识表征的重要性。

    Jun, 2020

  • 通过自动化知识图生成和丰富加速医学知识发现

    医疗知识图谱自动化 (M-KGA) 是一种创新方法，通过利用用户提供的医学概念并利用 BioPortal 本体进行语义增强，以整合预训练嵌入向量，从而提高知识图谱的完整性。该方法引入了基于聚类和基于节点的两种方法，以发现知识图谱中隐藏的连接，通过对电子健康记录中 100 个频繁出现的医学概念进行严格测试，展示了有望解决现有知识图谱自动化技术限制的潜力。

    Apr, 2024

  • 生物医学关系抽取方法和模型比较及其在知识图谱构建中的应用

    本研究介绍比较了在构建知识图谱中用于从生物医学文献中提取关系方面的一些基于规则和基于机器学习的方法，例如：朴素贝叶斯、随机森林、DistilBERT、PubMedBERT、T5、SciFive 等，通过实验检测不同方法的适用性和鲁棒性。结果表明，基于 transformers 的模型（如 PubMedBERT）在处理小型和不平衡的数据时表现较好。其中，在平衡数据上，PubMedBERT 模型的 F1 得分最高（0.92）。

    Jan, 2022

  • COVID-19 知识图谱：加速科学文献信息检索和发现

    本文提出了 COVID-19 知识图谱（CKG），它结合了语义信息和拓扑信息来提取和可视化 COVID-19 科学文章之间的复杂关系，最终形成一个关系图谱。CKG 可以为类似文档检索提供低维度的图像嵌入，有助于揭示 COVID-19 科学文章中深层次的信息。

    Jul, 2020

  • COVID-19 文献知识图谱构建与药物再利用报告生成

    为了应对 COVID-19，我们开发了一个全新的综合性知识发现框架 COVID-KG，从科学文献中提取了细粒度的多媒体知识元素，并利用构建的多媒体知识图谱用于问答和报告生成，以药物再利用为案例研究。该框架还提供了详细的上下文句子，子图和知识子图作为证据。

    Jul, 2020