Jan, 2024
在单分子分辨率的空间转录组学中使用空间点过程预测未来状态
Predicting Future States with Spatial Point Processes in Single Molecule
Resolution Spatial Transcriptomics
Parisa Boodaghi Malidarreh, Biraaj Rout, Mohammad Sadegh Nasr, Priyanshi Borad, Jillur Rahman Saurav...
TL;DR利用基于随机森林回归的流程,本研究预测果蝇胚胎发育过程中Sog-D基因表达的细胞未来分布,以揭示细胞和有机体在超分辨全胚空间转录组成像中如何控制基因表达;通过结合细胞在胚胎发育的每个阶段的状态和Ripley's K-function,我们得到了平均活跃细胞分布的预测准确性,该工具类似于空间分辨的发育生物学RNA速度,通过一个数据点可以利用空间点过程的特征预测未来的空间基因表达。