基于 (超) 图搜索的逆向合成预测
本文提出了一种基于分子图转换的无模板逆合成预测方法 G2Gs,可以将一个目标分子图转化为一组反应物分子图,通过识别反应中心将目标分子图分解为一组合成子,再通过图形翻译技术将它们转化为反应物图。实验结果表明,G2Gs 的表现接近于最先进的基于模板的方法,且不需要领域知识且更加可扩展。
Mar, 2020
提出了一种基于图形搜索的策略,消除了中间分子的冗余探索,并采用图神经网络引导搜索。同时,我们的方法可以同时搜索一批目标,并使用基于树的搜索方法删除树间重复。在两个数据集上的实验结果表明了我们方法的有效性。特别是在广泛使用的 USPTO 基准测试中,我们将搜索成功率提高到 99.47%,提高了 2.6 个百分点的先前最先进的性能。
Jun, 2022
本文提出了一种新的基于条件图逻辑网络的化学反应逆向设计方法,使用图神经网络隐式考虑反应是否在化学上可行和策略性,并提出了一种有效的分层采样,成功将当前现有方法的性能提高了 8.1%。
Jan, 2020
本文提出了一种名为 SemiRetro 的方法,将 TB 方法和 TF 方法的优点结合起来,采用减少模板冗余的方式对半模板进行嵌入,提高了化合物中心的识别和半模板的分类,实现了高效的回溯合成。实验结果表明,SemiRetro 的性能明显优于现有的 TB 和 TF 方法,并具有更好的训练效率。
Feb, 2022
本文提出了一种基于图神经网络的模板自由算法,通过将逆向合成分为两个步骤来自动扩展化学反应,识别目标分子的潜在反应中心,生成中间合成物和生成与中间合成物相关的反应物。该方法在性能上超越了现有技术,并提供了合理的化学解释。
Nov, 2020
反向合成扩散 (RetroDiff) 是一种基于扩散的新方法,用于解决生物制药中的根本性挑战,旨在帮助化学家找到合适的反应物分子和合成路径,即给定确定的产物分子。
Nov, 2023
本文提出了一种基于神经网络的 A * 算法 Retro * 来高效地进行合成路径规划,在美国专利和商标局数据集上实验表明,我们的方法不仅成功率和解决方案质量均优于现有技术,而且效率更高。
Jun, 2020
本研究提出一种 RetroKNN 方法, 该方法是一种基于机器学习的本地反应模板检索方法, 结合了神经网络预测和最近邻检索, 可以用于分子逆合成, 在 USPTO 数据集上取得了较好的结果。
Jun, 2023
单步逆向合成是有机化学和药物设计中的关键任务,计算辅助合成规划的出现使得使用机器学习技术促进该过程的兴趣日益增长。我们提出的 NAG2G 方法,也是一种基于 Transformer 的无模板模型,但利用了二维分子图和三维构象信息,同时简化了生成物 - 反应物原子映射对齐的加入,通过利用节点对齐确定节点生成的特定顺序,并以节点为单位以自回归的方式生成分子图,这确保了节点生成顺序与输入图中的节点顺序一致,克服了以自回归方式确定特定节点生成顺序的困难。我们广泛的基准测试结果表明,提出的 NAG2G 在各种指标上能够超越先前的最先进基线。
Sep, 2023