Feb, 2024

领域特定性在语言模型和生物医学关系抽取的指导有多重要？

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TL;DR通过现有语言模型、测试四个数据集，我们的研究表明，在生物医学 NLP 任务（关系提取）中，虽然一般领域的模型通常优于生物医学领域的模型，但生物医学数据集上的 fine-tuning 可以与一般数据集 fine-tuning 达到类似的效果，提示将研究重点放在大规模生物医学数据集 fine-tuning 上，而非构建特定领域的生物医学语言模型。
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发现论文，激发创造
  • 探索生物医学语言处理中指令调整的有效性

    利用指令调整（instruction tuning）技术，对两个规模庞大的通用语言模型进行研究，以期在生物医学自然语言处理任务上取得类似于 BioBERT 和 BioClinicalBERT 等特定编码器模型的结果，并提供了相应的代码、模型和基于指令的数据集。

    Dec, 2023

  • 针对生物医学自然语言处理的领域特定语言模型预训练

    本文通过编制全面的生物医学 NLP 基准测试集，证明了在丰富的未标记文本的领域中，从头开始针对特定领域的预训练语言模型相对于持续预训练通用领域语言模型，能够显著提高生物医学 NLP 任务的效果，并发现一些常用做法不必要。我们为社区发布了我们的最新预训练和任务特定模型，并创建了一个包含我们的 BLURB 基准测试的排行榜。

    Jul, 2020

  • BioInstruct: 大型语言模型用于生物医学自然语言处理的指令调整

    LLMs 在自然语言处理任务中取得了巨大成功，但在生物医学领域的指令却只有少数发布。为了解决这个问题，我们介绍了 BioInstruct，一个包含超过 25000 个示例的定制任务特定指令数据集。通过使用 BioInstruct 数据集对 LLMs 进行微调，我们旨在优化 LLM 在生物医学自然语言处理（BioNLP）领域的性能。我们在 BioNLP 应用中对 LLaMA LLMs（1＆2，7B＆13B）进行了指令调优，并评估了它们的信息提取、问答和文本生成能力。我们还使用多任务学习原则评估了指令对模型性能的贡献。

    Oct, 2023

  • 为生物医学自然语言处理调整大型神经语言模型

    本文系统研究了微生物 NLP 中 fine-tuning 的稳定性，提出了一系列技术来解决这个问题，并通过领域特定词汇和预训练来建立更健壮的模型。

    Dec, 2021

  • 语言模型能成为医学知识库吗？

    通过创建生物医学知识三元组的基准测试 BioLAMA，研究了预训练语言模型是否可用作具有生物医学特定领域知识的知识库。发现在近期提出的探测方法下，生物医学语言模型可以在检索生物医学知识方面取得 18.51% 的精确度，但多数预测与无主题的提示模板高度相关，因此限制了它们作为特定领域知识库的能力。

    Sep, 2021

  • 生物医学领域的预训练语言模型：一项系统调查

    本篇论文综述了近期预训练语言模型在生物医学领域的研究进展及其在生物医学下游任务中的应用，提出了现有生物医学 PLMs 的分类及其在下游任务中的应用，讨论了其限制与未来发展趋势。

    Oct, 2021

  • 基于基准生物医学文本处理任务的大规模语言模型全面评估

    最近，大型语言模型 (LLM) 在解决各种任务方面展现了令人印象深刻的能力。然而，尽管在各种任务中取得了成功，但以前的研究尚未调查它们在生物医学领域的能力。为此，本文旨在评估 LLMs 在基准生物医学任务中的性能。为此，我们对 26 个数据集中 6 个不同生物医学任务的 4 种流行 LLMs 进行了全面评估。据我们所知，这是第一次在生物医学领域对各种 LLMs 进行广泛评估和比较。有趣的是，基于我们的评估结果我们发现，在具有较小训练集的生物医学数据集中，零次矫正的 LLMs 甚至在效果上超过了当前最先进的生物医学模型。这表明，在大型文本语料库上进行预训练使 LLMs 在生物医学领域具有了相当专业的能力。我们还发现，在所有任务中没有单个 LLM 能够胜过其他 LLMs，不同 LLMs 的性能可能会因任务而异。尽管与在大型训练集上进行精细调整的生物医学模型相比，它们的性能仍然相当差，但我们的研究结果表明，LLMs 在缺乏大规模注释数据的各种生物医学任务中具有潜在的价值工具。

    Oct, 2023

  • 利用 NLP 技术增强医疗科室对患者的分配

    通过使用关键词训练一个深度学习架构，我们提出了一个不需要预训练与微调，可以直接应用于特定环境进行多标签分类的方法，该方法在文本分类中显著提高了性能，是一种有潜力的替代传统方法的有效选择，并在各种医学领域具有潜在应用。

    Dec, 2023

  • MedLM：探索面向医学问答系统的语言模型

    本研究通过比较一般性和专用于医学问答的精简语言模型的性能，旨在填补这方面的空白，并评估不同语言模型家族的性能，以探讨这些模型在医学问答领域的可靠性、比较性能和有效性，从而为不同语言模型在医学领域的特定应用提供有价值的见解。

    Jan, 2024

  • 应用于临床和生物医学任务的指导微调大型语言模型的零样本和少样本研究

    评估四个最先进的面向指令的大型语言模型（ChatGPT、Flan-T5 UL2、Tk-Instruct 和 Alpaca）在 13 项真实世界的临床和生物医学自然语言处理（NLP）任务，如命名实体识别（NER）、问答（QA）、关系抽取（RE）等方面的表现。总体结果表明，评估的语言模型在大多数任务的零样本和少样本场景中已经接近最先进模型的性能，尤其在 QA 任务中表现出色，即使它们之前从未见过这些任务的示例。然而，我们观察到分类和 RE 任务的性能低于专门训练用于医学领域的模型（如 PubMedBERT）所能达到的水平。最后，我们注意到没有一个语言模型在所有研究任务中都胜过其他模型，某些模型在特定任务中更适合。

    Jul, 2023