Feb, 2024
MAPE-PPI: 通过微环境感知蛋白质嵌入实现高效有效的蛋白质相互作用预测
MAPE-PPI: Towards Effective and Efficient Protein-Protein Interaction Prediction via Microenvironment-Aware Protein Embedding
Lirong Wu, Yijun Tian, Yufei Huang, Siyuan Li, Haitao Lin...
TL;DR通过定义氨基酸残基的序列和结构上下文，我们提出了一种微环境感知的蛋白质嵌入（MPAE-PPI）方法，将微环境编码为具有足够大的词汇（例如代码本）的化学有意义的离散代码，用于高效的大规模蛋白质相互作用（PPI）预测。经过广泛实验表明，MPAE-PPI 可以在 PPI 预测中高效而有效地处理数百万个 PPI，具有优异的效果和计算效率。