May, 2024
PILOT: 利用重要性采样实现多目标引导的基于变换的口袋条件下新生配体生成的扩散模型
PILOT: Equivariant diffusion for pocket conditioned de novo ligand generation with multi-objective guidance via importance sampling
Julian Cremer, Tuan Le, Frank Noé, Djork-Arné Clevert, Kristof T. Schütt
TL;DR基于构象的药物设计中，我们提出了一种使用等变扩散模型 PILOT 的基于计算的方法，通过结合口袋调节和大规模预训练与性质引导，来进行 3D 配体结构的 $ extit {de novo}$ 生成。PILOT 的多目标基于轨迹的重要性抽样策略旨在引导模型生成既具有增强与给定蛋白质口袋结合亲和力等所需特性，同时又保持高合成可访问性的分子。PILOT 在常见基准数据集 CrossDocked2020 上在各种评估指标上明显优于现有方法。此外，我们使用 PILOT 为 Kinodata-3D 数据集中未见蛋白质口袋生成了新的配体结构，该数据集包含了人类蛋白激酶组的大部分内容。生成的结构体预测的 $IC_{50}$ 值表明具有强大的生物活性，突显了 PILOT 作为基于构象的药物设计强大工具的潜力。