May, 2024

对于将扩散模型应用于反向合成，对准是关键

PDF
TL;DR通过对易变去混噪器的松弛要求，我们提出了一种新的去混噪器，最大限度地提高了反合成模型的表达能力和适用性。在 USPTO-50k 数据集上，我们的新模型实现了最高的 top-1 准确率（54.7%），同时在小扩散步数的情况下展示了灵活的后期训练条件和优质的样本质量，突显了交互式应用和多步规划的额外控制的潜力。
retrosynthesisdiffusion modelsgraph generationequivariant denoiserspost-training conditioning
发现论文，激发创造
  • RetroDiff: 反向合成作为多阶段分布插值

    反向合成扩散 (RetroDiff) 是一种基于扩散的新方法，用于解决生物制药中的根本性挑战，旨在帮助化学家找到合适的反应物分子和合成路径，即给定确定的产物分子。

    Nov, 2023

  • 多条件扩散引导下的反向分子设计

    逆向分子设计的多条件扩散模型与转换器编码去噪模型相结合，成功实现了高性能材料和药物发现，并在聚合物和小分子生成任务中展示了优越的分布学习和条件控制表现。

    Jan, 2024

  • 逆蛋白质折叠的图形去噪扩散

    提出了一种新颖的图去噪扩散模型，使用氨基酸替代矩阵对扩散过程进行编码，并在多种基准方法中实现了最先进的序列恢复性能，为特定的蛋白质骨架结构生成多样性的蛋白序列具有极大的潜力。

    Jun, 2023

  • 药物设计中的扩散模型

    扩散模型在 3D 分子生成方面已经成为强大的工具，特别是在药物发现领域。这篇综述着重于定制 3D 分子生成的扩散模型的技术实现，比较了各种用于分子生成任务的扩散模型的性能、评估方法和实现细节，并探讨了扩散模型在药物设计以及与计算化学相关的领域的应用。

    Jun, 2024

  • 目标感知分子生成和亲和力预测的 3D 等变扩散

    本研究基于 3D 等变扩散模型实现有标的分子设计，并提出了一种综合的评估框架来评估样本分子的质量，实验结果表明，该模型能够更好地生成具有更逼真的 3D 结构和更好的与蛋白靶点的亲和力，而且在不重新训练的情况下能够提高结合亲和力排名和预测质量。

    Mar, 2023

  • RetroBridge: 基于 Markov Bridges 的 Retrosynthesis 建模

    化学中的逆合成规划是一项基本挑战，旨在从商业可获取的起始物质设计反应路径以达到目标分子。本文介绍了马尔可夫桥模型和 RetroBridge 这一无模板逆合成建模方法，它们在标准评估基准上取得了最先进的结果。

    Aug, 2023

  • 基于条件图逻辑网络的反合成预测

    本文提出了一种新的基于条件图逻辑网络的化学反应逆向设计方法，使用图神经网络隐式考虑反应是否在化学上可行和策略性，并提出了一种有效的分层采样，成功将当前现有方法的性能提高了 8.1%。

    Jan, 2020

  • 高保真基于扩散的图像编辑

    扩散模型在图像生成和编辑领域取得了显著的成功。我们提出了一种创新的框架，其中包含一个修正模块，用残差特征调节扩散模型权重，以填补编辑过程中准确性的差距。此外，我们引入了一种新的学习范式，旨在在编辑过程中最小化错误传播。通过大量实验证明，我们的提议框架和训练策略在各种去噪步骤下实现了高保真的重建和编辑结果，并在定量指标和质量评估方面表现出色。此外，我们还通过图像到图像的转换和跨领域图像编辑等多个应用探索了模型的泛化能力。

    Dec, 2023

  • 基于离散图结构的分布式条件扩散用于分子图生成

    本文提出了一种基于条件扩散的离散图结构（CDGS）的分子图生成方法，通过随机微分方程（SDE）实现正向图扩散过程并得出离散图结构作为逆向生成过程的条件，利用普通微分方程（ODE）求解器进行高效的图采样，在各种数据集上验证了该框架的有效性，特别是在有限的步骤中仍能生成高质量的分子图。

    Jan, 2023

  • 非去噪前向时间扩散

    该论文通过扩散过程进行生成模型，通过选择适当的扩散桥混合，构造了以所需数据分布为目标的扩散过程，并且通过新的训练目标，可以通过神经网络进行逼近。

    Dec, 2023