Jun, 2024

GenBench: 用于对基因组基础模型进行系统评估的基准套件

TL;DR通过引入 GenBench,我们为评估 Genomic Foundation Models 的功效提供了一个全面的基准测试套件,该套件特别针对包括编码区域、非编码区域、基因组结构等在内的三个最重要的 DNA 任务。我们的研究结果揭示了一个有趣的观察结果:无论参数数量如何,注意力模型和卷积模型在短程和长程任务上的偏好存在显著差异,这可以为未来的 GFM 设计提供启示。