Jul, 2024

计算病理学中嵌入聚合方法的基准测试：临床数据视角

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TL;DR通过对10种聚合技术在9个临床相关任务中的全面测试分析，结果显示领域特定的基于自我监督学习的模型比基于ImageNet的模型在聚合方法方面表现更好，但空间感知的聚合器仅在使用基于ImageNet预训练模型时才显著提高性能。同时，没有单一模型在所有任务中表现优秀，空间感知模型也不如预期一般表现卓越，这些发现强调了对更具适应性和普适性的聚合技术的需求，以指导未来临床病理学中医学人工智能不断发展的需求。
发现论文，激发创造
  • 一种面向计算病理学的通用自监督模型

    使用超过100万个组织样本预训练的自我监督模型UNI，在计算病理学中取得了巨大的突破，具有分辨率无关的组织分类、少样本类别原型的幻灯片分类以及疾病亚型分类等新的建模能力，为解决解剖病理学中各种具有挑战性的任务和临床工作流提供了数据高效、泛化和迁移能力的人工智能模型。

    Aug, 2023

  • 医疗系统规模下的计算病理学 -- 来自三十亿图像的自监督基础模型

    最近在自我监督学习方面的突破已经实现了使用大规模无标签数据集来训练视觉基础模型，该模型可以推广到各种下游任务。本项目的目标是训练最大的学术基础模型，并通过在大型临床病理数据集上的预训练和下游性能评估来对最重要的自我监督学习算法进行基准测试。结果表明，与自然图像的预训练相比，病理数据的预训练对下游性能是有益的。此外，DINO算法在所有测试任务中实现了更好的泛化性能。这些结果标志着计算病理学研究的一个阶段性变化，为基于大规模、并行预训练的更高性能模型开辟了新时代。

    Oct, 2023

  • 数字病理学中的聚合模型超参数的重要性

    数字病理学通过对G级全幅图像（WSI）的分析大大提高了疾病检测和病理学家的效率。我们的研究揭示了特征提取模型和聚合模型超参数之间的相互依赖性，指出选择的超参数可能会使性能可比性产生偏差。通过对162个不同聚合模型配置的三个不同数据集上的七个特征提取模型的评估，我们提供了关于特征提取器和聚合模型之间关系的更细致的理解，从而使数字病理学中的特征提取模型能够获得更公正和准确的评估。

    Nov, 2023

  • RudolfV: 病理学家为病理学家打造的基础模型

    通过半自动化数据整理和引入病理学领域知识，我们扩展了数字病理学全幻灯片图像的基础模型的最新技术。我们的模型在公共和内部基准测试中表现良好，尽管使用的幻灯片数量比竞争模型少一个数量级。我们预计在更多数据和更大的模型规模下，我们的方法将进一步提高性能，并能够处理日益复杂的诊断和生物医学研究中的实际问题。

    Jan, 2024

  • 数字与计算病理学的人工智能

    数字化组织切片和人工智能，特别是深度学习的快速进展，推动了计算病理学领域的发展。这篇综述总结了计算病理学领域近期的方法学进展，重点介绍了这些发展如何使临床实践自动化，并可发现新的生物标志物。作者还提供了未来展望，指出该领域将扩展到更广泛的临床和研究任务，并涉及越来越多样化的临床数据模态。

    Dec, 2023

  • 超越多实例学习：全分辨率全内存端到端病理切片建模

    人工智能（AI）在大规模数字化临床数据集上训练系统以提高健康结果方面具有巨大潜力。计算病理学作为对诊断和生物标志物具有重大影响的大量显微镜图像数据，处于这一发展的前沿。百亿像素病理学切片由于其巨大的尺寸而面临独特挑战，通常被分成数万个较小的瓷砖进行分析。我们提出了一种新方法，通过在内存中全面高分辨率地同时训练瓷砖编码器和整个切片聚合器来解决这个问题，弥合了输入和切片级监督之间的差距。虽然计算成本更高，但详细的定量验证显示了病理基础模型的大规模预训练的前景。

    Mar, 2024

  • PRISM：一种用于切片级组织病理学的多模式生成基础模型

    使用Virchow瓷砖嵌入和临床报告文本进行预训练的PRISM为H&E染色组织病理学提供了幻灯片级基础模型，能够生成临床报告，并通过线性分类器实现针对癌症检测、亚型识别和生物标志物预测等任务的高性能表现。

    May, 2024

  • 公共自我监督病理基础模型的临床基准测试

    利用自我监督学习(SSC)训练病理基础模型的应用在过去几年有了显著增长，公开提供了多个在大量临床数据上训练的模型，将极大地增强计算病理学的科研能力、弥合研究与临床应用的鸿沟。本研究提供了一个包含具有临床相关终点的病理学数据集合，其中包括与癌症诊断以及来自两个医疗中心标准医院运营期间生成的各种生物标记物相关的临床切片，利用这些数据集对公开的病理基础模型的性能进行系统评估，并提供培训新的基础模型和选择适当的预训练模型的最佳实践见解。

    Jul, 2024

  • 基准测试基础模型作为弱监督计算病理学的特征提取器

    本研究解决了当前病理基础模型在外部队列和临床相关任务中独立评估不足的问题。我们基准测试了十种组织病理基础模型在多个癌症患者的样本上的表现，发现CONCH模型在42%的任务中表现最佳，而融合多个互补基础模型在66%的任务中优于单一模型。研究结果强调数据多样性在模型性能提升中的重要性。

    Aug, 2024

  • 数字病理中基于集合的单向量全幻灯片图像表示技术的简要调查

    本研究针对数字病理领域中全幻灯片图像（WSI）的表示问题，指出当前以“补丁”为导向的方法限制了对整个切片的全面分析。论文介绍了一种基于集合的单向量表示方法，能够更高效地利用此类复杂图像，从而提高计算效率并降低存储需求，对医疗服务的可及性和质量产生积极影响。

    Sep, 2024