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cryoSPHERE: 单粒子冷冻电子显微镜的异质重建
cryoSPHERE 是一种深度学习方法，通过将名义蛋白质结构划分为片段并将其作为近似刚体移动来适应冷冻电镜数据集中的不同构象，以提供足够的约束条件恢复单个蛋白质结构的有意义重建，并在异质重建方面实现了持续改进。
PDFa month ago
ScaleFold: 将 AlphaFold 初始训练时间缩短至 10 小时
AlphaFold2 是蛋白质折叠领域的突破性成果，但其实现不包括必要的训练代码。OpenFold 是 AlphaFold 的第一个可训练的公共重新实现。本研究在 OpenFold 的基础上对 AlphaFold 的训练过程进行了全面分析，
PDF3 months ago
ICLR深度强化学习建模蛋白复合物
使用 Generative Adversarial Policy Network（GAPN）通过策略梯度优化的领域特定奖励和对抗性损失来自动预测多链蛋白质复合物的结构，相较于最先进的 PCM 软件，GAPN 在 TM-Score 方面提升了
PDF4 months ago
ExplainableFold: 使用可解释性人工智能理解 AlphaFold 预测
ExplainableFold 是一个对于蛋白质结构预测的可解释人工智能框架，提出了基于对生物学原理的启示，生成蛋白结构预测的反事实说明的计数学习框架。实验结果表明，ExplainableFold 可以生成高质量的解释来提供关于氨基酸对蛋白
PDFa year ago
探索基于进化感知和无进化信息的蛋白质语言模型作为蛋白质功能预测器
本文研究探讨了 ESM-1b、MSA-Transformer 和 Evoformer 等三种常用蛋白质语言模型的表征能力，重点关注 Evoformer 在蛋白功能预测方面的表现，旨在回答三个关键问题：（i）AlphaFold 中的 Evof
PDF2 years ago
AlphaFold 加速 AI 驱动药物研发：高效发现一种新型细胞周期依赖性激酶 20（CDK20）小分子抑制剂
本文介绍了如何应用 AlphaFold 计算机程序来推断蛋白质结构，以支持以 AI 为驱动的药物发现领域。并采用一个生物计算平台和一个基于生成化学的平台来识别 CDK20 的类首个新靶点化合物。
PDF2 years ago