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HMAMP：基于超体积的多目标抗菌肽设计
通过考虑多个属性，提出了一种名为 HMAMP 的新颖方法，将强化学习和基于超体积最大化概念的梯度下降算法相结合，以实现多属性抗微生物肽的同时优化。该方法生成了一系列平衡多种属性的潜在抗微生物肽候选者，并确定了这些候选者的 Pareto 前沿
PDF2 months ago
AMPCliff: 抗微生物肽中活性断崖的定量定义和基准评估
在这项研究中，我们介绍了一种用于定量化定义和评估抗菌肽中的活性悬崖现象的基准框架 (AMPCliff)，并发现机器学习模型在检测活性悬崖事件方面具有良好性能。
PDF3 months ago
人工智能驱动的抗菌肽发现
抗菌肽（AMP）和人工智能（AI）在抗菌耐药性方面有着巨大的潜力，提供了一种替代传统抗生素的方法。本文综述了 AI 驱动的 AMP 发现的最新成就，并强调了最激动人心的方向。
PDFa year ago
基于能量的 GFlowNets 一致性训练用于建模离散联合分布
本研究基于联合能量模型，提出了一个名为 JEBGFNs 的模型，用于生成多个变量的离散对象。通过对抗性奖励，结合 GFlowNet 模型训练参数，此模型在生成抗菌肽方面的性能得到了显著改善，并在发现抗菌肽的主动学习设置中得到了评估。
PDF2 years ago
基于图形的主动机器学习方法用于生成和选择多样和新颖的抗菌肽
本篇论文旨在利用一种基于机器学习的框架快速有效地筛选出新的抗菌肽，其中利用了基于循环神经网络和基于图形的过滤器，从而显著减少湿实验的次数和时间成本。
PDF2 years ago
DNA 的反馈 GAN（FBGAN）：一种用于优化蛋白质功能的新型反馈循环结构
应用生成对抗网络（GAN）生成编码变长蛋白质的合成 DNA 序列，并提出了一种名为 Feedback GAN（FBGAN）的新型反馈回路体系结构来优化合成基因序列。通过基因序列针对所需性质的外部函数分析器进行优化，并用于生成抗菌肽编码的合成
PDF6 years ago