- 网络生物学中链路预测应用评述
网络生物学中，基于网络结构表示异质基因组和分子实体之间的相互作用。本综述系统剖析了应用于静态和动态生物网络的局部、中心性和嵌入式链接预测方法的属性，并在疾病、基因、蛋白质、RNA、微生物组、药物和神经元之间的预测链接方面考察了当前链接预测度 - KDDR-Mixup: 用于生物网络的黎曼混合方法
该论文提出了一种基于数据增强技术的混合方法 R-MIXUP，它适用于具有对称正定特性的生物网络的邻接矩阵，有效提高了训练效率以解决基于生物网络的深度学习模型面临的过拟合问题；作者还通过五个真实的生物网络数据集验证了该方法的有效性并探究了生物 - 生物信息处理
此文综述了信息论、生物网络、实验分析、进化优化和序列多样性等方面的研究成果及相关证据
- 通过控制细胞内网络动态来实现细胞命运重编程
本文利用逻辑动态方案，开发了一种新颖的网络控制框架，用于结构和功能信息的整合，以预测生物网络中的控制目标，为癌症治疗和细胞分化寻找介入靶点。
- 负曲率对生物和社会网络的拓扑学影响
本文通过一项组合负曲率（又称双曲性）的测量方法，展示了许多生物和社交网络呈现出双曲性质，证明了双曲网络的优越性质对于可靠最短路径和网络中心节点的存在具有重要影响。
- 模块性的进化起源
通过选择直接减少网络节点之间成本的压力，模块化网络的出现是普遍的。在最大程度上提高网络表现和最小化连接成本的选择压力下进行的实验产生的网络比仅选择性能的对照实验更具模块化和适应性。
- 生物系统中模块化的出现
本文讨论了生物系统的模块化和等级结构，重点从蛋白质结构、基因、生物网络模块化分区的例子，并着重解释了生物学如何从化学多种可能性中自发地组织成结构化形式的理论。更重要的是，本文将模块化出现的过程描述为一种破缺对称的相变，以模块作为有序参数，并 - MM使用答案集规划检测大型生物网络的不一致性
使用 ASP 在大型生物网络中检测不一致性，基于高通量细胞活动的生化 / 遗传反应的一致性，检查大规模数据集的一致性并确定冲突的最小表示，可用于识别不可靠数据或指示缺失反应。
- MM关于实现概率逻辑编程语言 ProbLog 的论文
该研究介绍了 ProbLog 的概念以及相关算法，针对大型生物网络提出了一种有效执行查询的方式。
- 推断多个图结构
本文提出了两种估计多个相关图的方法，并将亲密度假设转化为经验先验或组惩罚。我们提供了定量结果，证明了所提出方法的优势。该论文介绍的方法已嵌入 R 软件包'simone' 版本 1.0-0 及更高版本中。
- 神经元群体中的弱配对相关性意味着强相关网络状态
通过 Ising 模型，我们发现在脊椎动物视网膜和文化皮层神经元网络中，两元素之间的相关性与大群体之间的高阶复杂相互作用描述了神经元的集体行为，证明了神经编码具有联想或纠错功能。
- 生物网络复制模型
使用组合概率方法研究了生物网络和非生物网络的演化过程，发现生物网络中基因调控网络和蛋白质相互作用网络的信息重复是塑造生物网络的主要演化力量，与非生物网络不同，这导致其幂律指数小于 2，而且其幂律指数与生长过程有关，而与起始网络无关。
- 网络中的同配混合
本文定义了网络的一种混合性度量，并在此基础上表明，社交网络往往呈现同配混合性，但技术和生物网络则趋向于异配混合性。在同配网络的框架下，我们发现这种网络更容易形成连通集并且比其异配网络更抗节点移除。