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关注图表是我们所需要的一切：用 LeukoGraph 开创血液细胞群体的层次分类
LeukoGraph 是一个使用图注意力网络（GATs）导航层次分类复杂性的框架，通过使用流式细胞仪数据导出的具有数百万个节点和边的图进行层次推理，达到了 98% 的 F 分数，具有很高的精度预测平坦和分层细胞类型。
PDF4 months ago
scInterpreter: 训练基于大规模语言模型的 scRNA-seq 数据解读器用于细胞类型注释
该研究探讨了如何训练和适应大型语言模型，以解释和区分单细胞 RNA 测序数据中的细胞类型，初步研究结果表明这些基础模型在准确分类已知细胞类型方面表现出色，展示了大型语言模型作为发现新生物学见解的有效工具的潜力。
PDF5 months ago
CellMixer：异质细胞群体的无标注语义细胞分割
近年来，已经提出了几种无监督的细胞分割方法，试图省略对细胞分割模型训练的繁琐像素级注释的要求。本文介绍了一种名为 CellMixer 的创新无标注方法，用于异质细胞群体的语义分割。我们基于数据增强的方法可以通过图像级标签的训练来构建分割模型
PDF7 months ago
功能细胞类型鉴定的最具区分性刺激
通过使用深度预测模型的基于优化的聚类方法，我们成功地发现了小鼠视网膜、狨猴视网膜和猕猴 V4 视觉区中的功能性神经元簇，这些最有区别性的刺激可以快速准确地指定功能性细胞类型。
PDF7 months ago
基于提示的分组变压器用于核团检测和分类
基于分组变换器的分类器的新型端到端核分类和检测框架具有显著的性能优势。
PDF8 months ago
克罗恩病中的细胞空间分析：基于图形签名揭示本地细胞排列方式
描述了对 Crohn's 疾病中细胞空间特征的研究，着重分析细胞聚类与空间分布的差异以及数据异质性对其影响，并强调了协作对于该疾病研究的重要性。
PDFa year ago
ICML蛋白质网络的深度上下文学习器
本文介绍了一种名为 AWARE 的图神经信息传递方法，用于注入蛋白质嵌入的细胞和组织背景信息。作者构建了一个人类细胞图谱的多尺度网络，并应用 AWARE 来学习蛋白质、细胞类型和组织嵌入，从而展示了 AWARE 在特定疾病的背景下揭示蛋白质
PDF3 years ago