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HyenaDNA：基于单核苷酸的远距离基因组序列建模
HyenaDNA 是一个在人类参考基因组上进行预训练的基因组基础模型，具有长达 100 万个单核苷酸的上下文长度和单核苷酸层面的全局上下文，以及可用于简单调整以适应新任务而无需更新预训练模型权重的上下文学习能力，并在核苷酸转换器和基因组基准
PDFa year ago
基因组学中的经典到量子序列编码
本文介绍了在生物信息学中使用多种数学领域的算法进行古典到量子数据编码的新颖方法，其中包括无损压缩、小波编码和信息熵技术，并提出了基于量子玻尔兹曼机的 DNA 序列编码测试方法，为量子计算在生物信息学中的发展提供了新的思路和应用。
PDFa year ago
用于微聚类任务的随机划分模型
本文提出了一种满足微聚类特性的贝叶斯随机分区模型，并在实验中展示了该模型在实体解析的应用。
PDF4 years ago
KDDMinCall - MinION 端到端卷积深度学习基序呼叫器
研究使用深度学习和卷积神经网络来开发基于 MinION 便携式 DNA 测序系统的 basecaller 模型，最佳模型在使用 R9 孔径化学和 1D 读取的 E.Coli 数据集上实现了 91.4% 的匹配率。
PDF5 years ago
单倍型组装：信息论视角
该研究从信息论的角度探讨了单倍型组装问题，发现 DNA 测序技术提供的短读序列可以用于恢复目标单倍型序列。研究将这一问题重新表述为联合源通道编码问题，并给出了最佳边界的充分必要条件以及所需短读的数量，重点是可靠的单倍型重建。
PDF10 years ago
环境序列样本的系统发育 Kantorovich-Rubinstein 度量
本论文基于引用的参考系统树的实验证据分布为基础，建立了一种基于 Kantorovich-Rubinstein 距离的 UniFrac 方法，并且将其扩展为 $L^p$ Zolotarev 度量，实现了与两个社区之间没有差异的自然置换测试的
PDF14 years ago