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gene ontology
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使用大语言模型进行基因集总结
本研究提出了一种基于 GPT 模型的新的基因集功能摘要方法，该方法使用结构化文本、自由叙述基因概要或直接模型检索等来源来生成 GO 术语列表，但并不能依靠本方法来代替标准术语富集分析，手动筛选方法仍然必要。
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a year ago
KDD
自动生成基因本体描述的图中图网络
本研究提出了一种新的任务：Gene Ontology 术语描述生成，通过使用 Graph-in-Graph 网络来有效利用 GO 的结构信息进行生物学功能的推导和合适的描述生成，实验结果表明，该网络可以大幅度提高不同序列到序列模型的性能，具
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2 years ago
AAAI
多模式蛋白知识图谱构建及应用
本文介绍了 ProteinKG65，一个专门用于蛋白质科学的知识图谱，它基于基因本体论和 Uniprot 知识库，并整合了多种知识，主要旨在将基因本体论的知识应用于蛋白质功能及结构预测，文中还展示了 ProteinKG65 的潜在应用。
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2 years ago
ICLR
OntoProtein: 基因本体嵌入的蛋白质预训练
OntoProtein 是第一个将 GO 结构应用于蛋白质预训练的通用框架，通过与知识图谱和蛋白质嵌入的联合优化，能够优化蛋白质表示并在蛋白质相互作用和蛋白质功能预测方面实现更好的性能。
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2 years ago
AptRank：一种适应性 PageRank 蛋白质功能预测模型在双向图上
通过构建包含蛋白质关联和功能层次网络的双重关系图模型以及应用传统的 BirgRank 和自适应机制的 AptRank 两种扩散方法，本文为基于蛋白质网络数据的蛋白质功能预测提供了一种新的预测方法，其中引入 Gene Ontology 的层次
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8 years ago
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