next-generation sequencing | BriefGPT

关键词next-generation sequencing

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大规模配对抗体语言模型
我们提出了 IgBert 和 IgT5，这两个迄今为止最好的抗体特异性语言模型，在设计更好的治疗方法方面，能持续处理成对和不成对的变量区域序列作为输入，并且在抗体工程的多样化设计和回归任务上，这些模型胜过了现有的抗体和蛋白质语言模型。这一进
PDF3 months ago
预测基因突变的功能丧失影响：一种机器学习方法
本文研究了利用下一代测序技术进行基因组测序以及使用机器学习模型预测 LoFtool 分数和基因突变的相关特性，通过建立多个模型并评估其性能，得到了测试集 r 平方值为 0.97 的结果。
PDF5 months ago
NIPS基于贝叶斯的多域学习方法应用于下一代测序计数数据中的癌症亚型发现
通过利用基因组规模的高通量技术，包括下一代测序（NGS），精准医学旨在实现个性化预后和治疗。然而，转化 NGS 数据面临几个挑战，其中之一是一个有效的模型。本研究开发了一种 BMDL 模型，通过分层负二项分解，得出基于层次的针对过离散化计数
PDF6 years ago
NIPS平滑最短路径图核技术鉴定癌症患者亚群
使用图核方法和路径聚类过程来从患者基因突变的剖面中识别肿瘤亚型，并应用于卵巢癌数据中以评估患者的生存分组情况。
PDF8 years ago
DUDE-Seq：针对目标引物测序的快速、灵活和鲁棒去噪方法
本文提出了一种基于 DUDE-Seq 的新方法，用于纠正下一代定向扩增测序的基因序列中出现的替换和同源多聚物插入 / 缺失错误，结果表明该方法不仅在纠错能力和时间效率方面优于现有的替代方法，而且还提高了下游分析的可靠性。
PDF9 years ago
使用 MAD 贝叶斯方法对非正态样本的肿瘤异质性特征进行分配
提出一种基于小方差渐近逼近的层次模型贝叶斯非参数方法，用于推断肿瘤异质性的细胞子克隆情况，并成功地从高维基因组数据中恢复潜在结构，为生物学研究提供了一个有用的工具。
PDF10 years ago
MMSOAP3-dp: 基于 GPU 的快速、准确、敏感的短读比对器
SOAP3-dp 是一个同时提供高速和高灵敏度的短读比对软件，它利用 CPU 和 GPU 的计算能力和优化算法来优化短读比对，相对于其他广泛采用的比对器和 GPU 比对器，SOAP3-dp 在不同长度的 Illumina 读取上的灵敏度和假
PDF11 years ago