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MoFormer：基于条件 Transformer 和联合多模态融合描述的多目标抗菌肽生成
利用深度学习优化多目标抗菌肽，通过多目标合成管道（MoFormer）在结构化潜空间中引导和改善抗菌肽序列的属性以提高抗菌活性和减少溶血，同时使用非支配排序算法和大模型微调的代理方法进行候选者的层次排名，通过分子模拟和可视化潜空间来追踪和优化
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a month ago
ICML
基于多模态流匹配的全原子肽设计
通过基于流匹配框架的第一个多模态深层生成模型 PepFlow，我们成功设计了全原子肽链，以靶向特定蛋白质受体，并在计算肽设计和分析中展现了其显著潜力。
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a month ago
T 细胞响应预测的迁移学习
我们研究了特定给定肽段的 T 细胞反应的预测，这对于个性化癌症疫苗的开发来说可能是一个关键步骤。我们使用了转换器模型进行 T 细胞反应预测，发现膨胀的预测性能不仅仅是理论上的问题，而是在实践中发生的。因此，我们提出了一个领域感知的评估方案，
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3 months ago
PepLand：一个大规模、预训练的肽段表示模型，用于全面探测经典和非经典氨基酸的景观
我们提出了 PepLand，它是一种新颖的预训练架构，用于表示和属性分析既包括规范又包括非规范氨基酸的多肽。经验验证证实了 PepLand 在蛋白质相互作用、渗透性、溶解度和合成能力等各种多肽性质预测中的有效性，为多肽中心研究领域的转变性进
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8 months ago
肽序列和图形路径的联合建模
通过融合基于序列和图形编码的深度学习方法，本研究提出了一种名为 RepCon 的肽共建模方法，用于提高鉴别性能。实验证明，RepCon 方法在共建模框架下的优越性以及在模型解释方面的有效性。
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9 months ago
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