protein interactions | BriefGPT

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利用层级相互作用进行蛋白质表面学习
在结构生物信息学中，蛋白质间相互作用的预测是最重要且具有挑战性的问题之一。本文提出了一种基于深度学习技术的分层化化学和几何特征交互网络（HCGNet），通过建立化学特征和几何特征之间的分层交互来进行蛋白质表面分析，并通过大量实验证明我们的方
PDF6 months ago
建模蛋白质 - 蛋白质相互作用的深度学习方法生态系统的发展
综述介绍了利用深度学习模型分析蛋白质相互作用的多样性方法，包括基于生物物理学知识的模型、表示学习、几何深度学习和生成模型，并指出了面临的挑战和新的研究方向。
PDF9 months ago
DockGame: 刚性蛋白多聚体对接的合作博弈
蛋白质相互作用、组装形成、蛋白质对接、多聚蛋白对接和博弈论框架是本研究的主要关键词和研究领域，通过 DockGame 方法可以提高蛋白质对接问题的效率和生成多种可能的组装结构。
PDF9 months ago
大语言模型在提取分子相互作用和通路知识方面的比较性能评估
利用大型语言模型自动从相关科学文献中提取知识，研究识别蛋白质相互作用、通路和基因调控关系的任务效果，并评估不同模型的性能，讨论了该方法的未来机遇和挑战。
PDFa year ago
ICML蛋白质网络的深度上下文学习器
本文介绍了一种名为 AWARE 的图神经信息传递方法，用于注入蛋白质嵌入的细胞和组织背景信息。作者构建了一个人类细胞图谱的多尺度网络，并应用 AWARE 来学习蛋白质、细胞类型和组织嵌入，从而展示了 AWARE 在特定疾病的背景下揭示蛋白质
PDF3 years ago
KDD面向蛋白接口预测的高阶交互深度学习
通过引入 2D dense prediction 方法和序列建模、配对交互等技术，我们提出了一种新的深度神经网络模型，能够通过图神经网络学习节点特征，并预测蛋白质界面的预测性能，并在实验中进行了验证并得出了可靠的结果。
PDF4 years ago
测序微生物之间的遗传共现网络
通过分析成千上万的正交基因，我们构建了一个基因 - 基因共存映射。该研究表明，相关联的提高了物理相互作用的蛋白质和共表达的转录本，从而从条件或短暂的相互作用中分离出功能性必须的蛋白质相互作用的子组。此外，此类关联可用于指导合成生物学中的外源
PDF13 years ago