proteomics | BriefGPT - AI 论文速递

关键词proteomics

搜索结果 - 8

Geneverse: 用于基因组学和蛋白质组学研究的开源多模态大型语言模型集合
基因组学和蛋白质组学研究中的大型语言模型（LLMs）应用前景广阔。我们提出了一种名为 Geneverse 的针对基因组学和蛋白质组学研究中三个创新任务的经过微调的 LLMs 和多模态 LLMs（MLLMs）集合。Geneverse 模型基于
PDF13 days ago
NovoBench: 基于深度学习的蛋白质组学中 De Novo 肽段测序方法的基准测试
本文介绍了第一个统一的鲁棒性肽段测序标准 NovoBench，该标准包括多样的质谱数据、整合模型和全面的评估指标，并通过对各种因素的评估，揭示了许多有启发性的发现，为未来的发展开辟了新的可能性。
PDF18 days ago
深度学习驱动的串联质谱数据库搜索中减少数据偏倚的方法
DeepSearch 是首个基于深度学习的串联质谱数据库搜索方法，通过改进的转换器编码器 - 解码器架构和对比学习框架，采用数据驱动方法评分肽谱匹配，并以零样本方式对变量翻译修饰进行建模，验证了其准确性和鲁棒性。
PDF2 months ago
AdaNovo：基于条件互信息的自适应全新肽段测序
AdaNovo 是一个新颖的框架，通过计算光谱与每个氨基酸 / 肽之间的条件互信息（CMI），利用 CMI 进行自适应模型训练，以解决串级质谱在鉴定具有后转录修饰的氨基酸时遇到的挑战，并且在鉴定肽和抗数据噪声方面表现出色。
PDF4 months ago
基于 Transformer 的数据独立获得质谱的新肽碱基序列
Casanovo-DIA 是一种基于 Transformer 架构的深度学习模型，能够从 DIA 质谱数据中解析肽段序列，并显著提高了已有方法的精度和召回率，在氨基酸水平上精度提高 15.14% 至 34.8%，召回率提高 11.62% 至
PDF5 months ago
多组学预测深度学习高内容细胞成像
使用 Image2Omics 深度学习方法，预测细胞群体内来自高含量显微图像的多重荧光染色数据；结果表明，细胞成像可能是多重组学测量的可替代方法。
PDFa year ago
MAGAN: 对齐生物多样性
本文介绍了一种新的基于生成式对抗网络模型的数据集成方法：Manifold-Aligning GAN (MAGAN)，并通过单细胞生物学实例表明其可行性，该方法能够成功的将两种不同的测量类型（基因组学和蛋白组学）进行对齐，从而加强其对生物信息
PDF6 years ago
NIPS图稀疏逻辑回归
本文介绍了一种新的分类算法 Graph-Sparse Logistic Regression，适用于在图形上具有稀疏但相互连接的支持的情况。我们在生物信息学的蛋白质组学数据和互作图方面探索了这种技术，并提供了开源软件包 GSLR。
PDF7 years ago