synthetic biology | BriefGPT

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基于转移学习的功能转录网络的细胞重编程设计
利用转录组数据进行预训练的转移学习方法，通过基因扰动的转录响应，最小化给定初始和目标转录状态之间的差异，成功重现已知的重编程协议并创新性地设计适用于特定重编程转变的可调整模型，研究揭示了基因调控网络对表型的管理方式。
PDF4 months ago
集成深度学习与合成生物学：通过 N - 末端编码序列增强基因表达的共设计方法
利用深度学习与合成生物学协同设计的少样本训练工作流程，为 NCS 优化引入了一种新方法，通过 k 最近邻编码和 word2vec 对 NCS 进行编码，利用注意机制进行特征提取，构建时间序列网络预测基因表达强度，并通过直接搜索算法在有限训练
PDF5 months ago
AAAI人类可理解的基因组尺度代谢网络主动学习
合成生物学中，ILP-iML1515 是一种基于归纳逻辑编程的机器学习框架，通过逻辑推理和学习从实验样本中更新基因组规模代谢模型的新逻辑结构，以有效探索宿主细胞系统的假设空间并引导实验设计，从而降低学习基因功能的实验成本。
PDF10 months ago
蛋白质结构生成的潜扩散模型
本研究提出了一种潜在的扩散模型，该模型可以在凝聚的潜在空间中灵活捕捉天然蛋白质结构的分布，从而通过等变蛋白自编码器生成高可设计性和高效率的新型蛋白质骨架结构。
PDFa year ago
基于自然语言处理的合成生物学伦理、法律和社会影响推荐系统开发
该文探讨如何使用自然语言处理技术来开发一个推荐模型，以连接合成生物学家与其研究所涉及的伦理、法律和社会问题的信息。该推荐模型是一个更大的项目 —— 合成生物学知识系统（SBKS）的组成部分，旨在将相关伦理和社会问题信息汇总为一，嵌入到合成生
PDF2 years ago
AAAI通过缺省元观解释学习进行生物设计工程自动化
提出了一种新颖的基于 $Meta_{Abd}$ 的自动生物设计工程框架，使学习机器能够同时优化模型并减少实验成本和数据注释的研究。
PDF3 years ago
MM验证生物分子网络的实验设计
本研究提出了一种设计实验的方法，以有效地验证生物分子网络的正确性，采用高斯过程构建概率模型，并使用贝叶斯优化算法选择下一个样本点，在计算生物学领域的模拟数据下测试了该方法。
PDF4 years ago
完整 RNA 反折叠：功能性锤头状核糖酶的计算设计
本文介绍了使用最新算法 RNAiFold 设计生成的十种手锤式核酸酶以及一种更大人工核酸结构的组装体，利用动力学分析显示出它们的裂解速率与靶位氨基酸比熵，集团缺陷，结构灵活性 / 刚性等有关。这是有史以来第一次完全计算设计和实验验证新型功能
PDF10 years ago
测序微生物之间的遗传共现网络
通过分析成千上万的正交基因，我们构建了一个基因 - 基因共存映射。该研究表明，相关联的提高了物理相互作用的蛋白质和共表达的转录本，从而从条件或短暂的相互作用中分离出功能性必须的蛋白质相互作用的子组。此外，此类关联可用于指导合成生物学中的外源
PDF13 years ago