tandem mass spectrometry | BriefGPT

关键词tandem mass spectrometry

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NovoBench: 基于深度学习的蛋白质组学中 De Novo 肽段测序方法的基准测试
本文介绍了第一个统一的鲁棒性肽段测序标准 NovoBench，该标准包括多样的质谱数据、整合模型和全面的评估指标，并通过对各种因素的评估，揭示了许多有启发性的发现，为未来的发展开辟了新的可能性。
PDF18 days ago
AdaNovo：基于条件互信息的自适应全新肽段测序
AdaNovo 是一个新颖的框架，通过计算光谱与每个氨基酸 / 肽之间的条件互信息（CMI），利用 CMI 进行自适应模型训练，以解决串级质谱在鉴定具有后转录修饰的氨基酸时遇到的挑战，并且在鉴定肽和抗数据噪声方面表现出色。
PDF4 months ago
基于 Transformer 的数据独立获得质谱的新肽碱基序列
Casanovo-DIA 是一种基于 Transformer 架构的深度学习模型，能够从 DIA 质谱数据中解析肽段序列，并显著提高了已有方法的精度和召回率，在氨基酸水平上精度提高 15.14% 至 34.8%，召回率提高 11.62% 至
PDF5 months ago
NIPS生成模型的梯度用于串联质谱的鉴别分析提升
本文基于生成对抗生成模型的对数似然梯度，介绍利用一种基于动态贝叶斯网络（DBN）的核判别分类器改进 Tandem Mass Spectrometry 中蛋白质识别的方法，通过引入 Theseus DBN 搜索算法，实现了自动学习模型参数的功
PDF5 years ago