Mar, 2013

大规模电子显微镜成像神经元过程的自动重建

PDF
TL;DR自动样品制备和电子显微镜使得大规模图像数据采集成为可能，基于此，本文提出了一种 pipeline 系统，通过结合随机森林分类和条件随机场框架，能够完成大规模电子显微镜数据的分割和自动化标注，从而实现了大规模 3D 神经元的重建和可视化。
发现论文，激发创造
  • 大规模连通组学的多通路方法

    该研究提出了一种基于多核系统的、可用于实时处理电子显微镜数据的多通道管道，并演示了其在重建神经元连接性的准确性和速度上的优势。

    Dec, 2016

  • 电子显微镜分割算法的理想属性

    本研究提出一种新型的 EM 分割分类器训练算法，旨在降低对标注和错误修正任务的手动劳动需求，实验表明该方法较现有方法更适于神经重建。

    Mar, 2015

  • 学习大规模神经元追踪的多模态体数据特征

    通过构建 FlyTracing 数据集和引入连接感知对比学习方法，本研究旨在降低人工工作量，减少电子显微镜数据中自动图像分割后的人工校对过程，并提出了一种有效的自动神经追踪方法。

    Jan, 2024

  • 大规模细胞电子显微镜自动图像分析：文献综述

    本文研究了大规模电子显微镜技术下生物医学图像分析的自动化方法和挑战，并讨论了近五年来在自动化人工智能计算机视觉、深度学习和软件工具方面所取得的进步，探讨了自动化图像获取与分析的整合，以实现毫米级纳米分辨率的高通量分析。

    Jun, 2022

  • 在宽范围尺度上建模大脑电路

    本篇论文主要研究利用电子显微镜和光学显微镜结合计算机视觉技术，对神经元的突触连接等生物信息进行分析和建模。

    Feb, 2015

  • 电压成像的实时神经元分割

    在电压成像中，我们提出了一种快速神经元分割方法，能够从噪声视频帧中检测到多个可能重叠的尖峰神经元，并实现了包括所提出的分割方法和 GPU 加速的运动校正在内的数据处理流程。通过在现有数据集和新数据集上的测试，我们展示了我们的处理流程能够从混乱的数据集中提取与人工标注良好一致的神经元轮廓，并首次展示了在单台台式电脑上实现电压成像数据的实时处理。

    Mar, 2024

  • 专注校对：从分割的 EM 图像中高效提取连接组

    本文提出了一种名为 “focused proofreading” 的新策略，结合自动图像分割和生物信息，成功减少了手动修正（proofreading）的时间和地点，应用于大型数据集中的果蝇视神经中，使跟踪速度提高了 3-5 倍。

    Sep, 2014

  • 多阶段多递归输入全卷积网络用于神经元边界检测

    本文提出了多阶段多递归输入的完全卷积网络通过学习低阶段的不同感受野大小的多个侧面输出，为后续学习提供多尺度的上下文边界信息，以解决电子显微镜图像分割的挑战问题，结果在两个公共可用的 EM 分割数据集上取得了有希望的结果。

    Mar, 2017

  • AxonCallosumEM 数据集：基于 EM 图像的大脑胼胝体横截面的轴索语义分割

    本文介绍了 AxonCallosumEM 数据集，该数据集是通过电子显微镜技术对 RTT 小鼠模型的胼胝体进行成像得到的，数据集详细标注了髓鞘和轴突，并开发出一种 Fine-tune 方法，适应了 EM 图像分割任务。

    Jul, 2023

  • 三维荧光显微镜图像合成和分割

    本研究提出了一种使用合成 3D 体积进行深度学习核分割的方法，通过空间约束的对抗网络生成一组合成 3D 体积和相应的地面真实数据集，对各种数据集成功地完成了核分割任务。

    Jan, 2018