Oct, 2019

主动物质的计算模型

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TL;DR本文介绍了各种建模方法和数值技巧，以阐明理解主动物质的创新和当前挑战。本文还认为微观细节通常是相关且强烈影响集体行为的，这意味着选择适当的建模水平是一个微妙的选择。最终，我们将讨论进一步改进现有模型和技术以应对复杂环境和生物环境的当前方法。
发现论文，激发创造
  • 主动物质的力学和统计学

    本文回顾了近期将非平衡统计力学和流体力学原理应用于形成一种系统化的理论，以研究仅涉及微观细节的集合活性粒子（活性物质）行为的进展，同时并列讨论了实验和理论，提出了一种统一的观点，其中包括不仅仅是生物系统，还有无生命的类比。

    Apr, 2010

  • 基于图形的主动物质模型仿真推断

    本文研究了非平衡态下存在的集体系统，详细探讨了个体材料组分内部能量以及小扰动对整个系统流变性质的全球影响，利用模拟推断方法依据少量图像数据提取了集体系统参数的可行性，着重强调了复杂集体系统内部的结构关系是生成模型和数据更精确匹配的重要因素。

    Apr, 2023

  • 通过主动学习进行预测性规模跨越模拟

    本文介绍了一种利用活跃学习方法进行局部精细模拟指导宏观流体动力学的新方法，以解决计算科学中存在的数值模拟需求和计算效率之间的挑战。

    Sep, 2022

  • 密集活性物质模型的聚合细胞单层运动模式

    研究表明，上皮细胞单层在长度超过十个细胞大小的距离上表现出类似于超冷液体和活性向列相的位移和速度相关性，这可以在密集活性物质的框架下进行描述，并且通过连续活性线性弹性学和模态分析证实，模拟和模态分析在组织层次时空重组时间大于细胞运动持续时间时是完美匹配的。

    Jan, 2019

  • 通过微观模拟决定 “粗糙方程” 的性质：婴儿浴水方案

    该论文介绍了一种基于微观模拟和样本统计的方法，用于推断多尺度计算中缺失的粗略方程及其相关信息，该方法可应用于多种边界条件和守恒方程，并有望成为多尺度计算的一个重要环节。

    Dec, 2002

  • 从分子动力学到布朗动力学

    本文研究三种粗粒化分子动力学模型，利用分子动力学模拟在计算域中的部分和（不太详细的）布朗动力学模拟在剩余的域中来开发和分析多尺度方法。结果应用于细胞膜上的受体蛋白结合的简化模型，证明现代胞内过程的 BD 模拟器可以在大块材料中精确耦合，也可以与膜附近使用的（更详细的）蛋白结合 MD 模型精确耦合。

    Jan, 2014

  • 在活性粒子系统中学习局部主导力平衡

    利用无监督聚类和稀疏度推导算法的组合，学习解释自组织活性粒子系统中的宏观模式形成的局部主导力平衡，揭示了该系统中的自组织结构形成的物理机制。

    Jul, 2023

  • 集体细胞迁移的物理模型

    本文从物理角度提供讨论了支配细胞迁移的相互作用机制，并对解释这些相互作用如何导致细胞运动的物理模型进行了综述，包括点阵模型、相场模型、活性网络模型、粒子模型和连续模型，并讨论了这些模型的局限性和主要涌现现象。

    May, 2019

  • 这里有很多空间：生物系统作为进化过载的多尺度机器

    我们认为将硬分类界限视为暂时的、观察者相关的、实用主义的观点是有用的，这种观点有助于我们理解生物与技术中的多计算、多功能原则，并有助于我们理解和设计演化和设计系统的方式。

    Dec, 2022

  • 自适应分辨率模拟液态水的扩散动力学建模

    本文提出了一种双分辨率分子动力学模拟方法，并采用自适应分辨率方案 (AdResS) 对液态水进行了模拟研究，证明了该方法可以在不同分辨率下精确地描述水的动力学、结构和热力学性质。

    Oct, 2007