PanNuke 数据集扩展、见解和基线
本文中,我们介绍了一种吸引医学生和病理学家参与的方法,用于在乳腺癌中标注细胞核的数据集,其中建议的注释可以通过弱算法来改善,该算法可用于训练分割算法,这种方法被称为 DTALE,旨在通过核分割和形态学特征来提高核分类模型的透明度。
Feb, 2021
本文讨论如何将深度学习用于对大型 WSI 图像进行癌症检测, 比较分析基于图像块或幻灯片的分类与需要在整个幻灯片上准确定位或分割癌症的方法之间的差异,并提出一种负数据采样策略,可显着降低假阳性率,并在肿瘤范围的错误率上取得 15% 的减少。
Dec, 2020
该研究使用大规模的有标签数据集训练深度学习模型结合 “多示例学习”,以在针生物镜下进行前列腺癌诊断,并获得了很高的 AUC,为计算病理学领域的决策支持系统部署提供了基础。
May, 2018
我们发布了一个大规模的手工标注的细胞核数据集 NuInsSeg,其中包含来自 31 个人和小鼠器官的 665 个图像补丁,超过 30,000 个手动分割的细胞核。此外,我们首次提供了整个数据集的模糊区域掩模,用于表示图像的某些部分即使对于人类专家来说也无法精确和确定地进行手动注释。
Aug, 2023
通过对乳腺癌组织标本图像的数据集进行系统回顾,发现了 12 个公开的数据集,并对每个数据集的元数据和特征进行了报告,同时编制了一个文章中使用的补充资源列表。此外,还强调了建立乳腺癌 WSI 数据集元数据报告指南的必要性。
Jun, 2023
使用自监督学习方法,创建了 Virchow 计算病理学的 632 百万参数深度神经网络基础模型,以解决病理学任务中缺乏数据的挑战,并在病理图像分类、癌症检测和亚型、生物标志物预测等多个任务中表现出色,显示了预训练在病理学图像数据集上的重要性和潜力。
Sep, 2023
使用超过 100 万个组织样本预训练的自我监督模型 UNI,在计算病理学中取得了巨大的突破,具有分辨率无关的组织分类、少样本类别原型的幻灯片分类以及疾病亚型分类等新的建模能力,为解决解剖病理学中各种具有挑战性的任务和临床工作流提供了数据高效、泛化和迁移能力的人工智能模型。
Aug, 2023
借助数字病理学和自动扫描保存整张组织学图像的显微系统的出现,越来越多地使用计算机方法来分析获取的图像。在各种组织学图像分析任务中,核实例分割在各种临床和研究应用中起着基础作用。然而,深度学习(DL)方法在处理未见数据集时性能通常下降。本文提出了一种改进基于 DL 的自动分割方法泛化能力的新方法,该方法利用一种最先进的基于 DL 的模型作为基准,并将非确定性训练时间和确定性测试时间染色归一化结合起来。实验结果表明,与基线分割模型相比,提出的方法在基于 Dice 分数、聚合 Jaccard 指数和全景质量得分分割核实现方面分别提供了高达 5.77%、5.36%和 5.27%的性能改进。
Sep, 2023
我们提出的新的 Cyto R-CNN 架构在整个细胞分割方面优于现有算法,同时提供比任何其他模型更可靠的细胞测量,这可能改善数字病理学工作流程,进而提高诊断水平。此外,我们发布的数据集可以用于未来的模型开发。
Jan, 2024