本文介绍一种基于 BERT 的实体链接模型，采用两阶段的零样本链接算法，通过双编码器进行实体检索，并进一步用交叉编码器对候选实体进行重排序。经实验证明，这种方法不需要显式实体嵌入或手动工程化的实体表，已超越最近的零样本评估和已建立的非零样本评估（如 TACKBP-2010），并且具有速度快的优点。

Nov, 2019

本研究提出了一种轻量级神经方法，利用对齐层和注意力机制来捕捉提到与实体的不同名称变化，以解决生物医学概念链接中同一实体具有各种名称变体的挑战，并且在标准评估基准上证明该模型表现竞争力。

Dec, 2020

使用双编码器模型，在相同的密集向量空间中对实体和提及进行编码，并通过近似最近邻搜索检索候选实体，从而实现实体链接。通过使用维基百科中的锚文本链接训练双编码器，该方法优于离散别名表和 BM25 基线，并且与标准 TACKBP-2010 数据集中最佳结果相当，还可以快速检索候选者，并可以很好地推广到从 Wikinews 推导出的新数据集。在建模方面，我们演示了无监督的负采矿算法在这一任务中的重要作用。

Sep, 2019

用荷兰语进行评估的首个生物医学实体链接模型基于 MedRoBERTa.nl 为基础模型，通过自对齐在荷兰语生物医学本体上进行第二阶段预训练，并在维基百科中的本体链接荷兰语生物医学实体数据集上进行微调。在 Mantra GSC-corpus 的荷兰语部分上评估模型，分类准确度为 54.7%，1 - 距离准确度为 69.8%。对无标签的患者支持论坛数据进行案例研究发现，模型受到前置实体识别步骤质量的限制。对小样本进行手动评估发现，正确提取的实体中约 65% 与本体中的正确概念相关联。结果表明，与英语以外的其他语言进行生物医学实体链接仍具有挑战性，但我们的荷兰模型可用于对患者生成的文本进行高级分析。

May, 2024

本文提出了一种集成多种模型的混合方法，以解决生物医学实体识别中的局限性，并在 i2b2/2010 数据集上评估，得到了 90.11 的 F1 分数。

Dec, 2023

本研究中，我们提出了一种实体归一化架构，通过微调预训练的 BERT/BioBERT/ClinicalBERT 模型，并使用三种不同类型的数据集进行了广泛的实验，评估了预训练模型用于生物医学实体归一化的有效性。我们的实验结果表明，最佳微调模型始终优于以前的方法，并提高了生物医学实体规范化的最新水平，精确度提高了高达 1.17％。

Aug, 2019

提出一种无需实体级别监督的实体链接和关系抽取模型，避免了流水线方法中产生的级联错误，并在两个生物医学数据集上优于最先进的实体链接和关系抽取流水线，极大地提高了系统的总体召回率。

Dec, 2019

提出一种在大规模生物医学语料库上训练的具有生物医学上下文依赖命名实体识别能力的领域特定语言模型 —— 生物医学 ALBERT，并在 8 个不同的医学 NER 基准数据集上展现出极高的性能表现，该模型可供未来研究使用。

Sep, 2020

通过学习实体的同义词对，我们提出了一种用于临床文本标准化的方法，通过关联多个术语，从而显著减少训练数据和资源消耗，并引入了基于上下文和无上下文重排序技术进行实体消岐。在最大的 UMLS 标注数据集 Medmentions 上，我们的方法表现与现有的零样本和远程监督实体链接技术相当，在没有基于领域的训练的情况下。最后，我们证明了单纯的检索性能可能不足以作为评估指标，并引入了一种基于文章的定量和定性分析，揭示了实体链接方法的进一步洞察。

May, 2024

本研究提出了一种新的框架，Bi-Encoder-Decoder (BED)，用于解决规范化关系提取中的实体信息利用、新实体表示、性能提升等问题。实验结果表明，该方法在两个数据集上性能显著优于之前的最优方法，并能够良好处理新实体而无需重新训练。

Dec, 2023