biomedical entity linking | BriefGPT

关键词biomedical entity linking

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COLING将自对齐的 BERT 模型在自动生成的荷兰维基百科语料上进行微调的生物医学实体链接
用荷兰语进行评估的首个生物医学实体链接模型基于 MedRoBERTa.nl 为基础模型，通过自对齐在荷兰语生物医学本体上进行第二阶段预训练，并在维基百科中的本体链接荷兰语生物医学实体数据集上进行微调。在 Mantra GSC-corpus
PDF2 months ago
COLING生物医学实体链接作为多项选择问题回答
Biomedical entity linking is improved using BioELQA, a model that treats it as multiple choice question answering, captu
PDF4 months ago
BELHD: 基于同名词消歧的生物医学实体链接改进
Biomedical Entity Linking with Homonym Disambiguation (BELHD) is a name-based method that expands homonyms in the knowle
PDF6 months ago
利用检索增强学习改进生物医学实体链接
通过引入新的 $k$NN-BioEL 方案，以及使用动态难负采样 (DHNS) 进行对比学习，本研究提出了一种改进型的生物医学实体链接模型，可以提高模型对稀有和困难实体的处理能力，并在多个数据集上优于现有方法。
PDF7 months ago
BELB：一个生物医学实体链接基准
生物医学实体链接（BEL）是将实体提及与知识库进行关联的任务，在生命科学文献的信息提取流程中起着重要作用。我们回顾了该领域的最新研究，并发现由于该任务在生物医学文本挖掘的现有基准中缺失，不同研究采用不同的实验设置，使得基于已发表数据的比较存
PDF10 months ago
在社交媒体上增强不良药物反应规范化：通用模型初始化和生物医学语义文本相似性在非正式语境中受益为零射连接
通过 BioLORD 的通用模型初始化和名为 STS 的语义文本相似度微调，在社交媒体上提出了一种新的逆药物事件归一化方法，通过实验结果展示了其在多个社交媒体数据集上的有效性，并成为逆药物事件归一化任务的一个转折点，具有成为未来研究领域的基
PDFa year ago
在生物医学实体链接中探索部分知识库推理
本研究探讨生物医学实体链接领域和命名实体识别和消歧方面的问题，分析了在局部知识库推理的情况下，EL 模型的性能下降严重，提出了两种简单而有效的方法来解决 NIL 问题。
PDFa year ago
基于代理的零样本实体链接与有效候选项检索
本研究中使用基于代理的度量学习损失和对抗性正则化器以提高候选人检索阶段的效率，从而提供了一种有效的替代方法来解决候选人检索的困难问题，并展示了零样本设置下的使用。
PDFa year ago
ACL基于知识库指导的预训练和同义词感知微调的生成式生物医学实体链接
本文提出了一种新的方法来解决生物医学实体链接的问题，利用基于知识库的预训练和微调，以及多种类似词的构建方式来进行模型训练，这种方法在多项实验中都取得了最优结果。
PDF2 years ago
知识丰富的自我监督方法用于生物医学实体链接
本文提出了使用领域本体知识进行自我监督的知识增强自监督方法（KRISS）来解决由于实体多样性和模糊性带来的实体链接问题，并实现了无需使用任何标注信息的万能实体链接器 KRISSBERT，将最先进的性能提高了 20 个百分点以上
PDF3 years ago
EMNLPBERT 可能太过复杂：一个基于残差卷积神经网络的小而有效的生物医学实体链接器
通过探究实体链接任务中基于 BERT 的模型的内在工作机制，我们提出了一个具有卷积神经网络和残差连接的高效模型，能够在拥有大约 60 倍更少的参数的情况下实现与现有最先进的 BERT-based 模型相当甚至更好的实体链接准确性。
PDF3 years ago
使用双编码器快速有效的生物医学实体链接
本研究提出了一种基于 BERT 的双编码器模型，可一次处理文档中的多个关键词，解决了现有模型效率低的问题，在生物医学实体链接领域取得了与现有模型相当的准确性，并对其进行了改进，实现了端到端生物医学实体链接，表现出更好的性能.
PDF3 years ago
医学实体链接的轻量级神经模型
本研究提出了一种轻量级神经方法，利用对齐层和注意力机制来捕捉提到与实体的不同名称变化，以解决生物医学概念链接中同一实体具有各种名称变体的挑战，并且在标准评估基准上证明该模型表现竞争力。
PDF4 years ago