ACLJul, 2021

多模态基于图的转换器框架用于生物医学关系抽取

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TL;DR本研究介绍了一种使用多模态线索（如分子结构）帮助模型学习实体（蛋白质）的多组学生物信息的新颖框架，以图形为基础的多模态学习机制利用 GraphBERT 模型编码了文本和分子结构信息，并利用不同模态的基础特征进行端到端的学习。在生物医学领域的蛋白质相互作用任务中，我们的提出的广义方法发现受到了领域特定模态的额外获益。
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发现论文，激发创造
  • UMLS-KGI-BERT: 基于数据中心的转换器中的生物医学实体识别知识集成

    通过从 UMLS 中提取文本序列，该工作为丰富生物医学变压器编码器的语言表示做出了数据为中心的范例贡献，从而将基于图的学习目标与掩码语言预训练相结合，初步实验结果表明该框架提高了多个生物医学和临床命名实体识别任务的下游性能。

    Jul, 2023

  • 基于 BERT 的临床知识提取用于生物医学知识图谱构建和分析

    本研究提出了使用 BERT 模型和条件随机场层从临床记录中提取和分析生物医学知识的端到端方法，包括自然语言处理模型用于命名实体识别和关系提取等步骤，可以用于构建医学知识图谱并用于问题解答。实验结果表明，该方法对于 505 位真实患者的生物医学非结构化临床记录的命名实体识别和关系提取的准确率分别为 90.7% 和 88%。

    Apr, 2023

  • 通过多粒度嵌入和增强标注进行多级生物医学命名实体识别

    本文提出了一种集成多种模型的混合方法，以解决生物医学实体识别中的局限性，并在 i2b2/2010 数据集上评估，得到了 90.11 的 F1 分数。

    Dec, 2023

  • Transformer 与生物医学背景知识的表示

    我们研究了基于 transformer 模型（如 BioBERT 和 BioMegatron）在公开的生物医学语料库的基础上如何适应生物医学领域，以及它们编码和表征生物知识的潜力和在癌症精准医学中的应用 - 即，解释基因组变异的临床意义。通过探测、分析和比较这些模型中的基因、变异、药物和疾病的嵌入内部属性，我们证明这些模型确实对生物知识进行了编码，但在针对特定任务进行微调时会失去部分知识。最后，我们分析了模型在数据集中偏见和不平衡方面的行为。

    Feb, 2022

  • BiomedGPT：一种统一和综合的生物医学生成式预训练 Transformer，可用于视觉、语言和多模态任务

    本文介绍了一种统一且通用的生物医学生成式预训练转换器（BiomedGPT）模型，利用自监督方法在大量和多样化的数据集上进行训练，可接受多模式输入并执行多种下游任务，在 20 个公共数据集上表现优于先前绝大多数最先进模型，涵盖了 15 种独特的生物医学模式。通过实验展示了我们的多模式和多任务预训练方法将知识转移应用于先前未曾见过的数据的有效性。总的来说，本研究在开发生物医学统一通用模型方面迈出了重要的一步，对于改善医疗保健结果具有深远的影响。

    May, 2023

  • 生物医学关系抽取方法和模型比较及其在知识图谱构建中的应用

    本研究介绍比较了在构建知识图谱中用于从生物医学文献中提取关系方面的一些基于规则和基于机器学习的方法，例如：朴素贝叶斯、随机森林、DistilBERT、PubMedBERT、T5、SciFive 等，通过实验检测不同方法的适用性和鲁棒性。结果表明，基于 transformers 的模型（如 PubMedBERT）在处理小型和不平衡的数据时表现较好。其中，在平衡数据上，PubMedBERT 模型的 F1 得分最高（0.92）。

    Jan, 2022

  • 基于 BERT 的生物医学实体标准化排名

    本研究中，我们提出了一种实体归一化架构，通过微调预训练的 BERT/BioBERT/ClinicalBERT 模型，并使用三种不同类型的数据集进行了广泛的实验，评估了预训练模型用于生物医学实体归一化的有效性。我们的实验结果表明，最佳微调模型始终优于以前的方法，并提高了生物医学实体规范化的最新水平，精确度提高了高达 1.17％。

    Aug, 2019

  • 深度多任务学习的交叉类型生物医学命名实体识别

    本文提出了一个多任务学习框架，可以用于对生物医学命名实体进行识别并提高性能。该模型在 15 个基准生物医学命名实体识别数据集上的实验表明，它比现有的命名实体识别系统和基线序列标注模型都要好，此外，性能提升大部分来源于在不同的标注数据之间共享生物医学实体相关的字符和单词级别的信息。

    Jan, 2018

  • 一种基于图形的多模态融合编码器在神经机器翻译中的应用

    本论文提出了一种新型的基于图的多模态融合编码器，用于多模态神经机器翻译（NMT）中利用不同模态语义单元之间的细粒度语义对应关系，以优化多模态表示学习，并在 Multi30K 数据集上验证了模型的卓越性能。

    Jul, 2020

  • 从生物医学文献中进行意图识别和实体提取

    通过全面的实证评估，我们表明在生物医学文本中，受监督的微调方法仍然相关且比通用性的大型语言模型更有效，如 PubMedBERT 可以仅凭 5 个受监督示例就能在命名实体识别任务上超过 ChatGPT。

    Apr, 2024