MEDIAR: 多模式显微镜数据中心和模型中心的协调
细胞分割是显微图像中定量单细胞分析的关键步骤,现有的细胞分割方法通常针对特定模态或需要手动干预以指定不同实验设置中的超参数。本研究提出了一个多模态细胞分割基准,包括超过 1500 个带标签图像,来自 50 多个不同的生物实验。前几名的参与者开发了一种基于 Transformer 的深度学习算法,不仅超越了现有方法,还可以应用于不同显微成像平台和组织类型的各种显微图像,无需手动参数调整。这个基准和改进的算法为显微成像中更准确和多功能的细胞分析提供了有希望的途径。
Aug, 2023
多模态显微图像的细胞分割仍然是一个挑战,为了解决这个问题,我们首先开发了一个基于细胞的低级图像特征的自动分类流程,然后训练了一个基于类别标签的分类模型。然后,我们针对每个类别训练了一个单独的分割模型,使用对应类别中的图像。此外,我们还部署了两种类型的分割模型,分别用于分割具有圆形和不规则形状的细胞。此外,为了增强分割模型的效率,我们采用了一种高效且强大的主干模型。在 NeurIPS 2022 Cell Segmentation Challenge 的调优集上评估,我们的方法达到了 F1 得分 0.8795,所有情况的运行时间都在时间容限范围内。
Oct, 2023
本文提出了一种元学习的方法,通过利用来自不同领域的标注图像数据集和目标领域内有限数量的标注图像数据集来训练通用、适应性强的少样本学习模型,来解决显微镜图像中的细胞分割问题。实验表明,使用标准分割神经网络体系结构,1 到 10 个数据样本的元学习结果有很好的表现。
Jun, 2020
本文提出了一种弱监督整个切片图像分割的框架,利用标准的临床注释,采用多实例学习方案进行模型训练,并在 The Cancer Genome Atlas 和 PatchCamelyon 数据集上进行了评估,显示出一定的潜力.
Apr, 2020
通过利用现有数据的局部或稀疏标注分割标签,我们开发了一种成本效益方法来解决与来自不同来源的数据的标签歧义、模态、数据集和分割标签的不平衡相关的挑战,实验结果表明,我们的方法在腹部器官分割的多模态数据集上表现出卓越的性能,凸显出优化现有标注数据使用和减少新数据标注工作以进一步增强模型能力的潜力。
Nov, 2023
通过引入少样本领域自适应方法,仅需要标注新数据中一到五个细胞即可快速调整模型以保持高准确性,在处理具有细长且非凸形态的细菌数据集时,取得了显著的准确度提升。
Feb, 2024
细分、测量和分析细胞图像的关键步骤在于对象分割。深度学习基于的工具在该领域中逐渐取得了主导地位,以 Cellpose 为代表的专业模型在准确性和用户友好性方面不断提升,多模态细胞分割挑战推动了准确性、效率和可用性方面的创新。文档、共享和评估标准的日益重视加快了朝着真正通用方法的目标迈进。
Nov, 2023
利用多模式单细胞技术,通过整合不同数据类型并建模模态之间的相互关系,为疾病生物标志物检测和药物发现提供了改进,实验结果表明机器学习技术对于建模细胞发展中 DNA 到 RNA 及蛋白质之间的协变性具有显著效果,有望推动对细胞分化和功能的理解并发挥机器学习的潜能。
Nov, 2023
本研究使用深度学习算法和点标签编码方法,实现对 PMS2 染色大肠癌和扁桃体组织图像进行单个细胞检测和分割的目标,相比现有技术,本算法在不增加标注工作的情况下显著提高了细胞检测和分割的效果。
Oct, 2019
本文介绍了一种基于深度学习的微观细胞图像语义分割,提出了针对数据量少的高效学习框架,并提出了一次学习和部分监督学习这两种学习策略以及使用小提示图像的新型分割方法。实验结果证明,与传统方法相比,提出的方法提高了 Dice 系数 (DSC)。
Apr, 2023