Oct, 2023

利用低层次线索的多模态图像细胞分割

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TL;DR多模态显微图像的细胞分割仍然是一个挑战，为了解决这个问题，我们首先开发了一个基于细胞的低级图像特征的自动分类流程，然后训练了一个基于类别标签的分类模型。然后，我们针对每个类别训练了一个单独的分割模型，使用对应类别中的图像。此外，我们还部署了两种类型的分割模型，分别用于分割具有圆形和不规则形状的细胞。此外，为了增强分割模型的效率，我们采用了一种高效且强大的主干模型。在 NeurIPS 2022 Cell Segmentation Challenge 的调优集上评估，我们的方法达到了 F1 得分 0.8795，所有情况的运行时间都在时间容限范围内。
发现论文，激发创造
  • 多模态细胞分割挑战：迈向通用解决方案

    细胞分割是显微图像中定量单细胞分析的关键步骤，现有的细胞分割方法通常针对特定模态或需要手动干预以指定不同实验设置中的超参数。本研究提出了一个多模态细胞分割基准，包括超过 1500 个带标签图像，来自 50 多个不同的生物实验。前几名的参与者开发了一种基于 Transformer 的深度学习算法，不仅超越了现有方法，还可以应用于不同显微成像平台和组织类型的各种显微图像，无需手动参数调整。这个基准和改进的算法为显微成像中更准确和多功能的细胞分析提供了有希望的途径。

    Aug, 2023

  • MEDIAR: 多模式显微镜数据中心和模型中心的协调

    用于多模态高分辨率显微镜图像的弱监督细胞分割是一个基本任务。本文提出了 MEDIAR，这是一个周全的细胞实例分割流程，将数据中心和模型中心方法相结合，实现了在多模态下的高效分割。

    Dec, 2022

  • 界定边界：显微图像中细胞识别的挑战和进展

    细分、测量和分析细胞图像的关键步骤在于对象分割。深度学习基于的工具在该领域中逐渐取得了主导地位，以 Cellpose 为代表的专业模型在准确性和用户友好性方面不断提升，多模态细胞分割挑战推动了准确性、效率和可用性方面的创新。文档、共享和评估标准的日益重视加快了朝着真正通用方法的目标迈进。

    Nov, 2023

  • 使用小视觉提示进行单次和部分监督的细胞图像分割

    本文介绍了一种基于深度学习的微观细胞图像语义分割，提出了针对数据量少的高效学习框架，并提出了一次学习和部分监督学习这两种学习策略以及使用小提示图像的新型分割方法。实验结果证明，与传统方法相比，提出的方法提高了 Dice 系数 (DSC)。

    Apr, 2023

  • 少样本显微镜图像细胞分割

    本文提出了一种元学习的方法，通过利用来自不同领域的标注图像数据集和目标领域内有限数量的标注图像数据集来训练通用、适应性强的少样本学习模型，来解决显微镜图像中的细胞分割问题。实验表明，使用标准分割神经网络体系结构，1 到 10 个数据样本的元学习结果有很好的表现。

    Jun, 2020

  • 细胞检测和分割的弱监督多任务学习

    本研究使用深度学习算法和点标签编码方法，实现对 PMS2 染色大肠癌和扁桃体组织图像进行单个细胞检测和分割的目标，相比现有技术，本算法在不增加标注工作的情况下显著提高了细胞检测和分割的效果。

    Oct, 2019

  • Micro-Net: 一种用于显微镜图像中多种物体分割的统一模型

    本文基于 CNN 的深度学习结构，针对显微镜图像中的目标分割和结构定位问题进行了研究，经过多重分辨率训练和中间层连接优化，通过多分辨率反卷积滤波器生成输出，在公开数据集上取得了优异的成果。

    Apr, 2018

  • 针对多种细胞类型和成像方式的活细胞图像训练通用实例分割网络

    本文探讨了通用细胞类型和成像方式的分割网络训练，并发现了一些训练技巧和共性特征，提高了分割性能。实验结果表明，我们的方法能够适用于全新的数据集。

    Jul, 2022

  • 基于卷积 LSTM 网络的显微细胞分割

    提出一种将 Convolutional Long Short Term Memory（C-LSTM）与 U-Net 相结合的细胞分割方法，以捕获细胞动力学信息，该方法在细胞跟踪挑战赛中取得了最先进的结果，代码可在提供的 https 链接中免费获取。

    May, 2018

  • 因果单元分割器：因果推断启发的多样化聚合卷积用于病理图像分割

    深度学习模型可用于解决病理图像分析中的细胞核分割问题，但对于多领域的鲁棒模型训练仍然是一个巨大的挑战。本研究提出一种名为 CausalCellSegmenter 的新型框架，通过结合因果推断模块（CIM）和多样化聚合卷积（DAC）技术，克服了背景噪声、细胞核高度重叠和边缘模糊等问题，实现了更好的结果表现。在 MoNuSeg-2018 数据集上的大量实验中，该方法在 mIoU 和 DSC 得分上分别提高了 3.6% 和 2.65%，并超越了其他最先进的方法。

    Mar, 2024