Feb, 2023

用于空间转录组学数据分类的图神经算子

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TL;DR通过使用图学习算法的神经算子，结合空间转录组学的技术，探讨了将其应用于小鼠脑组织样本神经区域预测的机器学习架构，并在基于多种图神经网络算法的验证中验证了神经算子方法的有效性，取得了近 72% 的 F1 分数。
spatial transcriptomicsgraph learningneural operatorsmachine learningbrain region prediction
发现论文，激发创造
  • 神经算子：学习函数空间之间映射

    本研究介绍了神经算子，它是一种学习算子的新型神经网络，能够在无限维函数空间中进行映射。我们证明了神经算子的广义逼近定理，可以逼近任何连续非线性算子。研究还提出了四类高效的参数化方法，并在偏微分方程的解算子的代理映射中应用了神经算子，结果表明相较于传统 PDE 求解器和现有的机器学习方法，神经算子具有更好的性能优势且速度更快。

    Aug, 2021

  • 利用异构图模型对生物实体的空间关系进行建模，用于乳腺癌的诊断

    本文旨在提出一种基于异构图神经网络的新方法，通过捕获细胞与组织之间的空间和层次关系，增强组织学图像中有用信息的提取，与转换器方法相比，本方法在参数数量和准确性方面都有所突破，在三个公开的乳腺癌数据集中表现出更高的效率和精度。

    Jul, 2023

  • 组织病理学中的直方图图表

    本论文在组织切片图像中，使用图卷积网络 (Graph Convolutional Networks, GCNs) 对细胞的多属性空间图进行建模，通过提取细胞空间排列的复杂特征以实现肿瘤分类，得到了与 Inception-v3 相当的分类准确率。

    Aug, 2019

  • 神经算子的散射问题

    最近，机器学习的最新发展提出了一种被称为神经算子的神经网络架构，能够近似函数空间之间的映射关系。我们以应用于基础物理学为目标，研究了它们在量子力学的散射过程中的应用。我们使用傅里叶神经算子的迭代变体来学习 Schrödinger 算子的物理性质，它将初始波函数和势能映射到最终波函数。这些深度算子学习的想法在两个具体问题中进行了测试：一个是在 $1+1$ 维度中预测波包散射在中心势场中的时间演化的神经算子，另一个是在 $2+1$ 维度中的双缝实验。在推断过程中，与传统的有限差分求解器相比，神经算子可以提高数个数量级的计算效率。

    Aug, 2023

  • 深度图神经网络的系统综述：挑战、分类、架构、应用与生物信息学的潜在用途

    深度学习在图神经网络中的非欧几里得空间的生物信息学研究中具有潜在的优势，能够解决与生物相关的复杂图形问题。

    Nov, 2023

  • 图元网络：自适应、结构化的计算和记忆

    本文探讨了使用图神经网络模拟没有先验图形结构的空间过程，以及通过计算优化和泛化学习输入输出关系等相关问题。

    Apr, 2019

  • 图神经网络综述

    该论文综述了图神经网络在数据挖掘和机器学习领域的广泛应用，提出了四种图神经网络的分类，并讨论了在各个领域中的应用以及图神经网络的开放源代码、基准数据集和模型评估，并提出了该领域的潜在研究方向。

    Jan, 2019

  • 基于 GNN 的图分类和链路预测综述

    本综述文章研究了图卷积神经网络及其在节点分类等领域的应用，并阐述了构建图卷积算子和图池算子的关键步骤。

    Jul, 2023

  • 神经图：脑连接组学图机器学习基准

    介绍了一种名为 NeuroGraph 的开源 Python 软件包，它包含了一系列基于图形的神经影像数据集以及基准的实现、模型训练和标准评估，可以用于机器学习研究高维功能性神经影像数据的分析和预测。

    Jun, 2023

  • 基于图神经网络的单细胞数据方法：最近的综述

    图神经网络是通过揭示基因和细胞之间的深层连接来重塑我们对生物医学和疾病的理解。本文总结了过去几年针对单细胞数据量身定制的图神经网络方法，并强调了以图注意力网络为中心的多样化图深度学习架构及其在单细胞数据上的几个目标，包括细胞类型注释、数据整合和插补、基因调控网络重建、聚类等。预计在生物医学领域中，随着不断产生的大规模组学数据和细胞与基因之间的相互关联性加强，图神经网络将成为单细胞分析工作的核心。

    Oct, 2023