TL;DR提出了 GCDM 模型,该模型采用几何完整的消息传递图神经网络,在 DDPM 框架内宣称新的 3D 分子扩散生成的最新成果,并提供了与分子 DDPM 生成动态相关的物理归纳偏差的初步见解。
Abstract
denoising diffusion probabilistic models (DDPMs) have recently taken the
field of generative modeling by storm, pioneering new state-of-the-art results
in disciplines such as computer vision and computational bio
本研究提出了一种 E (3) 等变扩散模型 (EDM),该模型学习使用等变网络对包含连续(原子坐标)和分类特征(原子类型)两种特征的扩散过程进行去噪。同时,基于该模型提供了一种概率分析方法,可以计算出基于该模型生成的分子的似然。实验证明,相较于先前的 3D 分子生成方法,本研究提出的方法在样本的生成质量和训练效率方面显着优于其他方法。