May, 2023

学习联合 2D 和 3D 扩散模型以生成完整分子

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TL;DR本文提出了一种新的联合 2D 和 3D 扩散模型 (JODO)，它通过 Diffusion Graph Transformer 参数化数据预测模型，可以生成具有原子类型、形式电荷、键信息和 3D 坐标的完整分子，表现出色，具有逆向分子设计和分子图形生成的优越性能。
molecule designdeep generative modelsdiffusion graph transformerquantum propertiesdata prediction model
发现论文，激发创造
  • 用于生成３D 分子的几何完备扩散

    提出了 GCDM 模型，该模型采用几何完整的消息传递图神经网络，在 DDPM 框架内宣称新的 3D 分子扩散生成的最新成果，并提供了与分子 DDPM 生成动态相关的物理归纳偏差的初步见解。

    Feb, 2023

  • MDM: 用于 3D 分子生成的分子扩散模型

    本文提出了一种新的扩散模型来解决 3D 分子生成中的两大挑战，即缺乏分子间关系和探索不足，该模型表现明显优于现有方法。

    Sep, 2022

  • MUDiff：完整分子生成的统一扩散

    本文提出一种新的分子数据生成模型，它将离散与连续的扩散过程相结合。 通过扩散过程的使用，可以捕获分子过程的概率性质，并探索不同因素对分子结构和性质的影响。 此外，文中还提出了一种新颖的图形变换器架构，用于去噪扩散过程，可以用于学习鲁棒的分子表示。 通过实验和与现有方法的比较，表明该模型能够生成更稳定和有效的分子，并具有良好的性能。 该模型为设计具有所需特性的分子提供了一种有前途的方法，并可应用于分子建模的广泛任务。

    Apr, 2023

  • 基于几何优化的去噪扩散模型用于三维分子生成

    提出了一种名为几何促进分子扩散（GFMDiff）的新型分子生成方法，通过引入双轨 Transformer 网络（DTN）和几何促进损失（GFLoss）解决了构成二元边和模型分子几何形状的多体间相互关系的建模问题。在现有基准上的全面实验证明了 GFMDiff 的优越性。

    Jan, 2024

  • 三维分子生成的等变扩散

    本研究提出了一种 E (3) 等变扩散模型 (EDM)，该模型学习使用等变网络对包含连续（原子坐标）和分类特征（原子类型）两种特征的扩散过程进行去噪。同时，基于该模型提供了一种概率分析方法，可以计算出基于该模型生成的分子的似然。实验证明，相较于先前的 3D 分子生成方法，本研究提出的方法在样本的生成质量和训练效率方面显着优于其他方法。

    Mar, 2022

  • GeoDiff：一种用于生成分子构象的几何扩散模型

    本文提出了一种名为 Geodiff 的新型生成模型，它将分子中的每个原子视为粒子，并学习直接反向扩散过程来预测分子构象，通过 Markov 的方式进行建模，Markov 核通过维持等变性来实现不变性分布，实验表明，该方法在多个基准测试中优于或与现有的最先进方法相媲美。

    Mar, 2022

  • 基于几何潜在扩散模型的三维分子生成

    本研究提出了一种基于几何潜变扩散模型（GeoLDM）的新方法，通过在潜空间中运行扩散模型来生成分子的三维几何结构。该方法对生成大分子的有效百分比有 7％的提升。

    May, 2023

  • 目标感知分子生成和亲和力预测的 3D 等变扩散

    本研究基于 3D 等变扩散模型实现有标的分子设计，并提出了一种综合的评估框架来评估样本分子的质量，实验结果表明，该模型能够更好地生成具有更逼真的 3D 结构和更好的与蛋白靶点的亲和力，而且在不重新训练的情况下能够提高结合亲和力排名和预测质量。

    Mar, 2023

  • 药物设计中的扩散模型

    扩散模型在 3D 分子生成方面已经成为强大的工具，特别是在药物发现领域。这篇综述着重于定制 3D 分子生成的扩散模型的技术实现，比较了各种用于分子生成任务的扩散模型的性能、评估方法和实现细节，并探讨了扩散模型在药物设计以及与计算化学相关的领域的应用。

    Jun, 2024

  • 分子联合自编码：2D 和 3D 扩散下的轨迹预训练

    该研究提出了一种面向分子联合自编码（MoleculeJAE）的预训练方法，该方法可以学习分子的二维键和三维构象信息，通过扩增轨迹的弥散过程模型，MoleculeJAE 能够以自我监督的方式学习分子的化学结构，优于与其相比的 12 个竞争基准，在 20 个任务中有 15 个任务达到了最先进的性能水平。

    Dec, 2023