May, 2023

利用主邻接矩阵分析生物医学知识图谱

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TL;DR本研究介绍了一种新的生物医学知识图谱（KG）表征框架，称为 Prime Adjacency Matrix（PAM），实现对知识图谱的高效网络分析，通过对不同生物医学知识图谱的使用和两个案例研究，我们证明了这种框架的适用性，能够以较少的时间和简单的方法的实现比原来的方法更好的结果。案例包括药物再利用和重要路径提取。
biomedical tasksknowledge graphsprime adjacency matrixdrug-repurposingmetapath extraction
发现论文，激发创造
  • 通过自动化知识图生成和丰富加速医学知识发现

    医疗知识图谱自动化 (M-KGA) 是一种创新方法，通过利用用户提供的医学概念并利用 BioPortal 本体进行语义增强，以整合预训练嵌入向量，从而提高知识图谱的完整性。该方法引入了基于聚类和基于节点的两种方法，以发现知识图谱中隐藏的连接，通过对电子健康记录中 100 个频繁出现的医学概念进行严格测试，展示了有望解决现有知识图谱自动化技术限制的潜力。

    Apr, 2024

  • BioBLP: 多模态生物医学知识图谱学习的模块化框架

    提出了一种用于学习具有实体属性的知识图谱嵌入的模块化框架，其中模块可以对不同模态的属性数据进行编码，并且支持具有缺失属性的实体。在使用包含大约两百万三元组的生物医学 KG 进行训练和评估时，发现在给定低程度实体的情况下，与不考虑属性数据的基准方法相比，该方法在药物 - 蛋白质相互作用预测任务中的表现较好。

    Jun, 2023

  • 使用知识图谱嵌入和语言模型进行生物医学多跳问答

    这篇研究论文探讨了如何使用自然语言问答，相结合的语言模型和 KG 嵌入来回答生物学家们所提出的一系列自由形式的问题，其 KG 数据集来源于 Hetionet，并利用该数据集创建一个多跳生物医学问答数据集以测试多跳生物医学问答系统。

    Nov, 2022

  • 利用逻辑知识增强生物医学数据的嵌入表示

    本研究探讨在生物医学领域的知识图谱中，如何通过引入逻辑规则来增强知识图谱嵌入表示，提高关系建模的效果。具体地，采用关系推理网络（R2N）作为知识图谱嵌入技术的补充，在 PharmKG 数据集上进行对比实验，并进行消融分析。结果表明，该方法显著优于现有技术，并能根据不同的选择标准和规则数量产生不同效果。

    Mar, 2023

  • 癌症生物标志物发现的生物医学知识图谱

    本文描述了如何构建一个特定领域的知识图谱，以帮助癌症生物标志物的发现和查询，并使用语义技术和信息抽取方法集成相关领域的知识和数据，提供交互式解释和问题回答。

    Feb, 2023

  • 在生物医学网络上的图嵌入：方法、应用和评估

    本文选择 11 种代表性的图嵌入方法，对药物 - 疾病关联、药物 - 药物交互、蛋白质 - 蛋白质相互作用、医学术语语义分类和蛋白功能预测等 5 个生物医学任务的 3 种预测方法进行评估比较，并提出了挑选嵌入方法和设置超参数的普适指导原则。结果表明，最近的图嵌入方法在未使用任何生物学特征的情况下，能够取得与具有生物学特征的方法相媲美的预测性能。

    Jun, 2019

  • 神经符号人工智能用于生物医学知识图谱推理

    本文调查了神经符号人工智能的杂交方法在生物医学领域的实用性和潜在益处，这些方法对于如药物重新定位等任务的 KG 完成 (KGC) 更为适合，因为生物医学数据集通常被建模为知识图谱 (KG) 以捕捉其多关系、异质性和动态属性。

    Jul, 2023

  • Know2BIO: 演进中的生物医学知识图谱全面双视角基准

    我们提出了一个面向生物医学领域的异构知识图谱基准测试平台 Know2BIO，它从 30 个不同的数据源中整合数据，并捕捉了 11 个生物医学类别中的复杂关系。通过在 Know2BIO 上评估知识图谱表示模型，我们展示了其在生物医学领域中作为知识图谱表示学习基准测试的有效性。

    Oct, 2023

  • 通过 Amazon Alexa 在生物知识图谱上进行问答

    本文介绍了如何使用 Amazon Alexa 语音界面对知识图谱进行问答。以包含 113 万个基因 - 疾病关联的 DisgeNET KG 为例，研究表明 Alexa 可以帮助从大规模知识库中查找有关某些生物实体的信息。

    Oct, 2022

  • 生物复杂性中的简洁性

    利用异质、互连、系统级的分子数据来实现个性化医疗，需要开发一种一般的综合性嵌入多尺度分子网络数据的框架，以实现在线性时间内对其进行可解释性利用。

    May, 2024