给定 3D 结构信息，我们提出了一种经过精调的逆折叠模型，专门针对抗体结构进行优化，在抗体中的序列恢复和结构鲁棒性方面超越通用蛋白质模型，尤其在高变性 CDR-H3 环上改进显著。我们研究了互补决定区的规范构象，发现将这些环编码到已知簇中的方法有所改进。最后，我们考虑了我们模型在药物发现和结合物设计方面的应用，并利用基于物理的方法评估了所提出序列的质量。

Oct, 2023

提出了一种新颖的图去噪扩散模型，使用氨基酸替代矩阵对扩散过程进行编码，并在多种基准方法中实现了最先进的序列恢复性能，为特定的蛋白质骨架结构生成多样性的蛋白序列具有极大的潜力。

Jun, 2023

本论文提出了 PiFold 具有改进恢复能力的新型残基特征提取器和 PiGNN 层，可一次性生成蛋白质序列。实验结果显示，PiFold 能够快速恢复结构，并且在 CATH 4.2，TS50 和 TS500 上的恢复效果也非常好，是以前方法的 70 倍快。

Sep, 2022

通过结合物理学模型和先前训练的生成模型，我们引入了一个多功能框架，将不同类型的生物物理测量转化为三维原子模型，该方法在线性和非线性反问题上优于后验采样基线，特别是首次利用扩散方法从低温电子显微镜密度图中改进原子模型。

Jun, 2024

本研究介绍了一种新的基于扩散的生成模型，通过模拟蛋白质的折叠过程，使用一系列连续角度来生成新的蛋白质骨架结构，通过简单的 transformer 骨干训练出高质量的蛋白质结构，并开源了对应的代码库和训练模型。

Sep, 2022

本文引入了一种生成模型，旨在设计具有特定 3D 结构和化学性质的蛋白质，以实现特定的功能。通过实验数据全面学习，该模型可生成全原子骨架构象以及序列和侧链预测，实现了分子生成建模方法的显著扩大。

May, 2022

该论文介绍了一种新的蛋白质设计方法，叫做全局内容感知生成性蛋白质设计方法（GCA），该方法旨在通过操作全局和局部信息，以获得能够折叠成定义结构的新蛋白质序列。实验结果表明，该方法在全新的蛋白质设计中表现良好，并会发布全新的代码和预训练模型。

Apr, 2022

本篇论文提出了一种基于条件生成神经网络的三维分子结构的设计方法，该方法不依赖于化学键，并能针对特定分布生成新颖分子，同时能够逆向设计并发现稳定的分子，在多种电子性质方面提高了生成效能。

Sep, 2021

通过深度强化学习训练的 FoldingZero 框架能够自行折叠出一个 2D HP 结构的蛋白质，学习到了隐藏的折叠知识，是一个在蛋白质折叠领域有应用潜力的新方法。

Dec, 2018

该论文综述了近期将机器学习应用于蛋白质序列优化的发展，重点介绍了深度生成方法对这一过程的促进作用。

Apr, 2021