Oct, 2023
蛋白质片段周围对齐的自监督口袋预训练
Self-supervised Pocket Pretraining via Protein Fragment-Surroundings Alignment
Bowen Gao, Yinjun Jia, Yuanle Mo, Yuyan Ni, Weiying Ma...
TL;DR通过在高分辨率原子蛋白质结构中分割药物样片段和相应的口袋，并与一些预训练的小分子编码器生成的伪配体表示对齐，我们提出了一种新颖的口袋预训练方法 ProFSA，该方法在口袋可药性预测、口袋匹配和配体结合亲和力预测等多个任务中取得了最先进的性能，同时通过利用高质量和多样性的蛋白质结构数据库，我们的研究为缓解蛋白质 - 配体复合物数据的稀缺性开辟了新途径。