Engineering new molecules with desirable functions and properties has the
potential to extend our ability to engineer proteins beyond what nature has so
far evolved. Advances in the so-called "de novo" design problem have recently
been brought forward by developments in artificial intelligenc
利用基于深度学习的分子生成加速药物候选物的发现的思想引起了极大关注，并开发了许多用于自动药物设计的深度生成模型，称为分子生成。其中，优化主导在实际药物设计中起着重要作用，我们对传统的计算机辅助药物设计方法进行了系统评述，将这些策略组织成了四个主要子任务，每个任务都有明确的输入和输出。此评述还探讨了基本概念、目标、传统 CADD 技术和 AIDD 的最新进展。此外，我们提出了一种基于受限子图生成的统一视角，以协调 de novo 设计和主导优化的方法。通过这种视角，de novo 设计可以融入主导优化的策略，以解决生成难以合成的分子的挑战；反之，主导优化可通过将其作为在特定次结构上生成分子的任务来受益于 de novo 设计的创新。