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一种基于图神经网络的冷冻电镜地图自动建模方法
本文介绍一种利用图形神经网络（GNN）的自动化方法，通过结合来自冷冻电子显微镜（cryo-EM）数据和氨基酸序列数据以及对蛋白质几何的先验知识，对蛋白质原子模型的自动构建进行改进，并对 28 个测试案例进行了验证。结果表明，在分辨率优于 3
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2 years ago
全局上下文生成全新蛋白质设计
该论文介绍了一种新的蛋白质设计方法，叫做全局内容感知生成性蛋白质设计方法（GCA），该方法旨在通过操作全局和局部信息，以获得能够折叠成定义结构的新蛋白质序列。实验结果表明，该方法在全新的蛋白质设计中表现良好，并会发布全新的代码和预训练模型。
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2 years ago
用于蛋白质结构表征学习的有向权重神经网络
本文提出了一种基于蛋白质氨基酸之间的几何关系的指向性权重神经网络，结合了传统神经网络和等变神经网络，提供更好的蛋白质结构建模方法，并在多个计算生物学应用中取得了最佳表现。
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2 years ago
深度学习神经网络在蛋白质计算设计中的应用
本文探究将深度学习神经网络应用于蛋白质设计，以预测蛋白质中每个残基上 20 种天然氨基酸的几率，并且以网络输出为残基类型约束，顺利提高 Rosetta 工具设计三种天然蛋白质的平均序列一致性，同时相比早期方法，本研究以多层神经网络构建的方法
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6 years ago
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