Jan, 2022

用于蛋白质结构表征学习的有向权重神经网络

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TL;DR本文提出了一种基于蛋白质氨基酸之间的几何关系的指向性权重神经网络，结合了传统神经网络和等变神经网络，提供更好的蛋白质结构建模方法，并在多个计算生物学应用中取得了最佳表现。
protein structure modelingdirected weight neural networkgeometric relationsamino acidsequivariant message passing
发现论文，激发创造
  • 用几何向量感知机从蛋白质结构中学习

    通过引入基于几何向量感知器的图神经网络，在大型生物分子的 3D 结构上进行学习并利用其图结构和几何方面，从而在蛋白结构的质量评估和计算蛋白质设计两个重要问题上实现了优化，改进了现有各类体系结构，其中包括最先进的基于图的和基于体素的方法。

    Sep, 2020

  • 用层级旋转等变神经网络选择蛋白质复合物的结构模型

    本文介绍了一种基于机器学习的方法，利用 3D 原子坐标来直接标识蛋白质复合物的准确模型，提高准确模型的识别，也可以用于绝对预测准确结构模型的方法。

    Jun, 2020

  • 通过完整的三维图网络学习分层蛋白质表示

    本文介绍 3D 图结构的蛋白质表示学习。使用蛋白质结构构建 3D 图，循序渐进地学习蛋白质的不同层级表示，并提出了一种新的层次图模型 ProNet，以便更好的分类和表征蛋白质。实验结果表明，ProNet 性能优于现有方法。

    Jul, 2022

  • 蛋白质结构感知的自监督学习

    我们提出了一种新颖的结构感知的蛋白自监督学习方法，利用图神经网络模型预训练，从残基距离和二面角的角度考虑自监督学习任务，借鉴预训练蛋白语言模型的序列信息结合专门设计的 GNN 模型的结构信息进行伪二级优化，实验证明该方法在多个监督型下游任务中的有效性。

    Apr, 2022

  • 用于三维大分子结构的等变图神经网络

    应用等变图神经网络提高在结构生物学中解决机器学习中出现的三维大分子结构的难题，在八个任务中，在三个任务上超越了所有基准模型，在另外两个任务上并列第一，在使用高阶表示和球面谐波卷积的等变网络中表现良好。此外，我们证明迁移学习可以进一步提高特定下游任务的性能。

    Jun, 2021

  • 蛋白质表征学习的聚类

    蛋白质表示学习是一个具有挑战性的任务，旨在从其氨基酸序列中捕获蛋白质的结构和功能。本文提出了一种神经聚类框架，通过考虑蛋白质的一级和三级结构信息来自动发现蛋白质的关键部分，在四个蛋白质相关任务上取得了最先进的表现。

    Mar, 2024

  • 几何结构预训练下的蛋白表征学习

    本文提出了利用 3D 蛋白结构进行预训练的蛋白质表示方法，并通过多视图对比学习和自我预测任务，实现了对蛋白质的编码。实验结果表明，该方法不仅可以比现有的基于序列的方法更有效地预测蛋白质的功能和褶叠分类，而且使用的预训练数据更少。

    Mar, 2022

  • 利用子图在 3D 蛋白质结构上进行几何自监督预训练

    本研究通过预训练三维蛋白质结构的图神经网络，利用蛋白质的地理层次结构和亚图与全球结构的关系，提出了一种新的自我监督方法，能够显著提高三维图神经网络在不同蛋白质分类任务中的性能表现。

    Jun, 2024

  • 三维分子图形的几何完整感知机网络

    介绍了一种新的 GCPNet 图神经网络，其具有 SE (3) 置换对称性，用于 3D 分子图形表示学习，在蛋白质 - 配体结合亲和力预测，蛋白质结构排序和牛顿多体系统建模任务中均取得了最先进的效果。

    Nov, 2022

  • 评估蛋白质结构宇宙中的表示学习

    ProteinWorkshop 是一套用于蛋白质结构上的几何图神经网络表征学习的全面基准套件，通过对大规模预训练和下游任务进行系统评估，旨在建立机器学习和计算生物学社区之间的共同基础，以严谨地比较和推进蛋白质结构表征学习的研究。

    Jun, 2024