biomedical named entity recognition | BriefGPT

关键词biomedical named entity recognition

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通过多粒度嵌入和增强标注进行多级生物医学命名实体识别
本文提出了一种集成多种模型的混合方法，以解决生物医学实体识别中的局限性，并在 i2b2/2010 数据集上评估，得到了 90.11 的 F1 分数。
PDF6 months ago
将分类标签和句法信息注入生物医学 NER
通过向模型注入分类标签和词性信息，我们提出了一种简单的方法来改进生物医学命名实体识别（NER）。我们使用两种方法：第一种方法是先训练一个序列级分类器将句子分类为不同的类别，获取句子级别的标签（分类标签）。将这些标签注入 NER 模型，将分类
PDF8 months ago
运用外部知识激发大型语言模型在生物医学命名实体识别中的应用
通过将大型语言模型（LLMs）应用于生物医学命名实体识别（NER）任务，将 NER 任务分解为实体跨度提取和实体类型确定两个步骤，同时注入实体知识以解决 LLM 在预测实体类别时缺乏领域知识的问题，实验证明了我们的两步 BioNER 方法相
PDF9 months ago
基于演示学习的机器阅读理解下的少样本生物医学实体识别
通过将生物医学实体识别重新定义为机器阅读理解问题，提出了一种基于演示学习的方法来改进在少样本学习场景下的模型识别生物医学实体的能力。使用六个基准数据集进行评估，结果表明 MRC 语言模型在识别生物医学实体方面比序列标注方法更为高效，并且可以
PDFa year ago
检测和匹配的生物医学实体识别
本研究提出了一种新的生物医学命名实体识别框架 DMNER，其通过利用现有的实体表示模型 SAPBERT，将 BNER 分解为实体边界检测和生物医学实体匹配两个步骤，并表现出在不同 NER 情景下的适用性和有效性。
PDFa year ago
影响生物医学 NER 准确度的外在因素
本文研究使用有限的数据，探究语料库标注计划、数据增强技术、半监督学习和 Brill 转换等外在因素，以提高基于 i2b2 2012 临床文本数据集的命名实体识别（NER）模型的性能，结果表明这些方法可以显著将模型的 F1 得分从原始的 73
PDFa year ago
基于字典为基础的同义词概括的生物医学命名实体识别
本研究提出了一种新的同义词泛化（SynGen）框架，使用基于跨度的预测识别输入文本中包含的生物医学概念。通过引入同义词距离正则化器和噪声扰动正则化器，该框架能够降低同义词泛化误差。本研究在多个基准测试中广泛评估了我们的方法，结果表明，Sy
PDFa year ago
SIGIRBioAug：基于条件生成的数据增强方法应用于低资源生物医学命名实体识别任务
本文提出了一种基于 BART 的数据增强框架 BioAug，通过选择性遮掩和知识增强，训练 BioAug 以解决一种新颖的文本重构任务，并在 5 个基准 BioNER 数据集上证明了 BioAug 的有效性和优越性，能够生成更加真实和多样化
PDFa year ago
AIONER：基于深度学习的全能式方案的生物医学命名实体识别
本研究提出了一种使用外部标记资源来改善泛化能力的全新生物医学命名实体识别方案，基于深度学习的 AIONER 工具比多任务学习等现有方法更为有效、稳健，能够识别训练数据中未出现的实体类型，并具有大规模处理生物医学文本的优势。
PDF2 years ago
KDD一个生物医学流水线来检测临床和非临床命名实体
提出了一种基于机器学习的流水线方法来识别生物医学命名实体，考虑到疾病、症状、蛋白质等多种不同类型的生物医学实体以及患者的非医学因素，使用一种新的基于 COVID-19 病例报告的数据集，该方法在五个基准数据集上表现优秀，F1 得分约为 90
PDF2 years ago
EMNLPMDAPT: 单模型多语种领域自适应预训练
本研究旨在探究利用领域自适应预训练的方法，结合多语言语料库来同时训练一个领域特定和多语言的语言模型，从而提高目标领域内不同语言任务的文本建模能力。研究结果表明，用这种模型在生物医学命名实体识别和金融句子分类等多个领域特定数据集上进行测试，可
PDF3 years ago
预训练语言模型的廉价领域自适应：生物医学实体识别和 Covid-19 问答的案例研究
本文介绍了基于目标域文本的 Word2Vec 的训练和对齐策略，用于适应已有的预训练语言模型，并在生物医学实体识别任务和 Covid-19 问答任务上取得了 60% 的 BioBERT-BERT F1 差距的覆盖率，且成本仅相当于 BioB
PDF4 years ago
BioFLAIR：用于生物医学序列标注任务的预训练聚合上下文化嵌入
研究比较 FLAIR 模型与其他模型（如 BERT）在生物医学命名实体识别任务中的表现，发现 FLAIR 在提供的 PubMed 向量上表现良好，甚至在某些任务上超越了 BERT，并且与其他模型叠加使用可以进一步提高结果。
PDF5 years ago
CollaboNet：深度神经网络协作的生物医学命名实体识别
提出一种基于 CollaboNet 的深度学习方法来解决生物医学命名实体识别领域中数据稀缺和实体类型混淆等问题，其利用多个实体识别模型相互协作，可以有效减少假阳性和实体分类错误，更具有很高的性能表现.
PDF6 years ago
深度多任务学习的交叉类型生物医学命名实体识别
本文提出了一个多任务学习框架，可以用于对生物医学命名实体进行识别并提高性能。该模型在 15 个基准生物医学命名实体识别数据集上的实验表明，它比现有的命名实体识别系统和基线序列标注模型都要好，此外，性能提升大部分来源于在不同的标注数据之间共享
PDF6 years ago
MM双向语言建模在生物医学命名实体识别中的有效应用
本文研究了如何利用无标注文本数据来改善生物医学 NER 模型的性能，通过训练一个双向语言模型（BiLM）以预训练一个与 BiLM 相同结构的 NER 模型，结果表明这种方法能够显著提高模型性能，并且能够加快模型训练速度，减少训练样本数量。
PDF7 years ago