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QuST-LLM: 综合空间转录组学分析的大型语言模型整合
本研究介绍了 QuST-LLM，它是 QuPath 的一个创新扩展，利用大型语言模型（LLMs）来分析和解释空间转录组学（ST）数据。QuST-LLM 通过提供包括数据加载、区域选择、基因表达分析和功能注释在内的全面工作流程，有效地简化了
PDF14 days ago
使用随机游走重启算法和帕金森病本体数据库进行帕金森病的药物再利用
设计了一个新型的计算平台，结合了基因表达数据、生物网络和 PDOD 数据库，以识别可能在 PD 治疗中重新定位药物。通过使用机器学习方法如 RWR 算法和 PDOD 评分系统，我们整理药物 - 疾病转换并根据其可能的疗效排序潜在候选物。我们
PDF3 months ago
基因表达数据分析的计算学习方法综述
本综述介绍了基因表达分析中使用的各种统计和计算工具，以及在数据预处理和分析方面如数据归一化、特征选择和分类等方面的方法和技术，并重点讨论了这些工具的应用。
PDF2 years ago
NIPSWarp：基于神经网络的基因表达数据可解释性方法
我们证明了扭曲的原理，这是一种解释神经网络在基因表达分析上内部工作的方法，扭曲是获得神经网络内部工作理解的一种有效途径，我们证明了扭曲能够从样本特定的个人角度恢复给定类别的有意义信息，并发现扭曲在线性和非线性可分数据集上都表现良好，这些令人
PDF7 years ago
从微阵列数据选择嵌套相关基因群的规范化方法
本文提出了一种两阶段正则化方法，能够学习具有高预测性能的线性模型，产生几乎完美嵌套的基因列表以及适合进一步生物学研究，在合成和微阵列数据上的实验结果证实了该方法的有趣性质和潜在性。
PDF16 years ago
奇异值分解与主成分分析
介绍了使用奇异值分解（Singular Value Decomposition，SVD）进行基因表达分析的方法，并强调了数据的初步特征。通过使用较少的变量来表示数据，及在嘈杂的基因表达数据中检测出模式，来描述了 SVD 方法在基因表达数据可
PDF22 years ago