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领域偏移的教科书解决方案：医学图像分析的知识先验
医学图像数据中，现有深度网络模型对于不同医院采样的数据或受性别、种族等人口统计变量影响的数据领域转移问题的鲁棒性不足。本研究提出了一种基于医学知识先验的知识增强瓶颈模型（KnoBo），通过检索增强语言模型，设计适当的概念空间，并采用自动训练
PDFa month ago
ACL通过可靠和时间感知的证据检索改善健康问题回答
利用 PubMed 作为可靠的医学研究文档集合，针对开放领域的问答设置，研究通过修改检索设置来提高问答系统性能的方法。结果显示，减少检索到的文档数量，偏爱近期和被引用次数较多的文献可以提高最终的宏观 F1 得分达到 10%。
PDF3 months ago
利用 PubMed 用户查询日志为推荐的相似文章提供事后解释
通过重用用户查询日志，我们建立了 PubCLogs，利用该模型来解释文献推荐，进一步证实了其性能优越。
PDF5 months ago
ACLMIReAD: 从科学文档中学习高质量表示的简单方法
MIReAD 是一种基于 fine-tuning 的简单方法，通过提取论文摘要的特征来学习高质量的科学论文表示，实验显示它在科学文档表示学习的四个评估标准上胜过六个现有模型，可用于相似论文检索、主题分类和文献搜索。
PDFa year ago
EasyNER：针对医学文本的可定制化、易于使用的基于深度学习和词典的命名实体识别管线
研究人员利用自动化文本挖掘技术，设计了一种针对医学研究文章关键词自动识别及网络提取的全流程解决方案，可在大规模的 PubMed 和 CORD-19 数据库上快速检索有关 COVID-19 和其他医学研究的相关实体，并生成实体列表及图表。
PDFa year ago
Bioformer：面向生物医学文本挖掘的高效 Transformer 语言模型
本研究提出了 Bioformer，一种用于生物医学文本挖掘的紧凑型 BERT 模型，它在 PubMed 文摘和 PubMed Central 全文文章上进行了预训练，使用生物医学词汇表。Bioformer 相对于 BERTBase 减小了
PDFa year ago
CCS Explorer: 临床队列研究的相关性预测、摘要提取和命名实体识别
CCS Explorer 是一个端到端的系统，可从 CCS 中提取相关信息以总结文章，以生物 BERT 为基础的句子相关性预测可达到 80.2％召回率和 0.843 的 AUC-ROC，以 PubMedBERT 为基础的患者，干预措施，结果
PDF2 years ago
MM基于依存树模式从医学文献中提取信息的因果关系
该研究提出了一种用于从医学文献中提取因果关系实体的无监督方法名称为 PatternCausality，并在 PubMed 文章中的语句上完成的实验验证了该方法相比于现有方法在提取因果关系实体时具有更高的召回率和精度。
PDF2 years ago
PMC-Patients: 一份从 PubMed Central 的病例报告中提取的患者笔记和关系的大规模数据集
提供了一个名为 PMC-Patients 的大规模公共病人笔记数据集，旨在促进检索型临床决策支持系统的发展，并可用于评估检索型决策支持系统。
PDF2 years ago
生物医学领域语义相似度评估的神经句子嵌入模型
本研究以 PubMed 开放获取数据集中的 1.7 百万文章为依据，研究了目前最先进的神经句子嵌入模型在生物医学文献中语义相似性估计方面的有效性；结果表明，我们提出的受监督模型在生物医学基准数据集上的表现优于以往的方法，并呼吁进一步对生物医
PDF3 years ago
使用 PubMed 摘要的基于 BioBERT 的弱监督方法将功能分配给蛋白质相互作用
使用基于 BioBERT 的深度学习技术从 PubMed 文摘中提取蛋白质相互作用 (PPI) 的功能类型，对这些信息进行标注。这项工作证明了通过对生物医学文摘的分析，可以大规模提高在线数据库中带有功能注释的蛋白质相互作用的数量。
PDF4 years ago
构建 PubMed 知识图谱
通过多源数据的整合与深度学习生物实体提取方法，我们构建了一个 PubMed 知识图谱（PKG），可用于衡量学术影响、知识使用和传递，以及通过与生物实体的联系，帮助我们对作者和机构进行档案概述。
PDF4 years ago
MMPDC - 一种概率分布聚类算法：对 PubMed 自杀文章的案例研究
本文提出一种名为 PDC（概率分布聚类）的新算法，可以将文档集合中的词项划分为代表集合中的主题，从而帮助研究者更好地理解特定主题的文献资料，同时提供一个可视化的环境，以支持 PubMed 中相关领域的多面数据查询。
PDF5 years ago
EMNLPBioNLP-OST 2019 RDoC 任务：基于主题和注意力的查询 - 文档 - 句子交互的多粒度神经相关性排名
研究通过使用基于注意力机制的神经主题模型和支持向量机进行 PubMed 摘要的检索和排名，以及使用基于查询的注意力句子表示、词袋和 TF-IDF 的多视图表示来实现句子排名模型。最终表现得到显著提高，分别在任务 1 和任务 2 中达到了第一
PDF5 years ago
BioFLAIR：用于生物医学序列标注任务的预训练聚合上下文化嵌入
研究比较 FLAIR 模型与其他模型（如 BERT）在生物医学命名实体识别任务中的表现，发现 FLAIR 在提供的 PubMed 向量上表现良好，甚至在某些任务上超越了 BERT，并且与其他模型叠加使用可以进一步提高结果。
PDF5 years ago
PubMed 200k RCT: 医学摘要中用于序列句子分类的数据集
本文介绍了 PubMed 200k RCT 数据集，该数据集基于 PubMed 用于序列句子分类，旨在为开发更准确的算法和在文献阅读方面提供更好的工具。
PDF7 years ago