structural biology | BriefGPT

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三维冷冻 ET/EM 密度图像中的分子图案追踪和分割通过算法图像处理和深度学习技术
理解生物大分子的结构对于细胞功能密切相关至关重要，特别是准确理解肌动蛋白纤维的组织是非常关键的，而这是因为它们形成了动态的细胞骨架，对细胞提供结构支持并连接其内部与周围环境。为了解决肌动蛋白纤维的精确组织问题，本文介绍了三种新的计算方法，并
PDF3 months ago
加速蛋白质结构潜在表征分子扩散模型的推断
使用扩散生成模型结合图神经网络，利用分子结构的潜在表示进行蛋白质结构的训练和优化，提高生成结构质量并减少推理时间。
PDF7 months ago
从液相电子显微镜视频中恢复分子的三维动力学
通过结合内隐神经表示（INR）和动态变分自编码器（DVAE），我们提出了一种名为 TEMPOR 的用于液相电子显微镜（liquid-phase EM）的时间电子显微镜物体重建算法，可以恢复分子结构的时间序列，从而直接观察分子的三维动态变化。
PDF10 months ago
探索基于进化感知和无进化信息的蛋白质语言模型作为蛋白质功能预测器
本文研究探讨了 ESM-1b、MSA-Transformer 和 Evoformer 等三种常用蛋白质语言模型的表征能力，重点关注 Evoformer 在蛋白功能预测方面的表现，旨在回答三个关键问题：（i）AlphaFold 中的 Evof
PDF2 years ago
ICML用于三维大分子结构的等变图神经网络
应用等变图神经网络提高在结构生物学中解决机器学习中出现的三维大分子结构的难题，在八个任务中，在三个任务上超越了所有基准模型，在另外两个任务上并列第一，在使用高阶表示和球面谐波卷积的等变网络中表现良好。此外，我们证明迁移学习可以进一步提高特定
PDF3 years ago
特征向量同步，图刚性及分子问题
本文研究了图形实现问题，提出了 3D-ASAP 算法，并将其应用于结构生物学领域中的分子问题，该算法包括采用谱分区算法的更快版本，并且在测量距离高噪声和连接稀疏的情况下表现良好且与最新的本地化算法相比有优越性。
PDF13 years ago