本研究提出了一个新的生物医学方法实体识别数据集，利用自动化的生物医学方法实体识别和信息检索系统来辅助人工注释。此外，我们全面探索了一系列传统和现代的面向开放领域的命名实体识别方法，包括针对我们数据集进行定制的最新大规模语言模型（LLMs）的使用。我们的实证研究发现，令人惊讶的是，语言模型的大参数数量阻碍了与生物医学方法相关的实体提取模式的有效吸收。显著地，结合条件随机场（CRF），利用体积适中的 ALBERT 模型（仅 11MB），取得了最先进的性能（SOTA）。

Jun, 2024

本文提出了一个多实体类型和多关系对的文献级生物医学关系抽取数据集 BioRED，包括新发现和先前已知的信息，旨在评估现有状态下的自动化算法，为更准确、高效和稳健的生物医学关系系统的开发奠定基础。

Apr, 2022

本篇论文介绍了我们参加 BioNLP Shared Tasks 2019 后在 Named Entity Recognition 和 Relation Extraction 方面的方法，我们的方法可以概括应用于不同语言的文本，包括英语和西班牙语，其中我们使用了语言特征，混合损失，多任务目标和令牌级合成策略以提高 Named Entity Recognition 的性能，使用基于字典的模糊和语义搜索来执行实体标准化， 最后，我们的 Relation Extraction 系统使用带语言特征的 Support Vector Machine，并在相关任务上表现出色。

Oct, 2019

通过在 Apache Spark 之上重新实现 Bi-LSTM-CNN-Char 深度学习架构，我们提出了一个单可训练的命名实体识别（NER）模型，该模型在七个公共生物医学基准测试中获得了新的最优结果，而不使用像 BERT 这样的重​​型上下文嵌入。该模型在生产级别代码库中作为开源 Spark NLP 库的一部分免费提供，并且可以扩展以支持其他人类语言，而不需要更改代码。

Nov, 2020

BERN2 是一种用于生物医学实体识别和归一化的工具，采用多任务命名实体识别模型和神经网络归一化模型，能更快、更准确地进行推理，帮助构建生物医学知识图谱。

Jan, 2022

本研究报告基于俄语 NEREL 数据集在 RuNNE 共享任务中进行嵌套命名实体识别，该任务涉及 29 种实体类型，覆盖 6 级嵌套，共有 9 个团队提交了 156 个结果，结果表明大部分结果超过了 BERT 的基线表现。

May, 2022

本文提出了一种集成多种模型的混合方法，以解决生物医学实体识别中的局限性，并在 i2b2/2010 数据集上评估，得到了 90.11 的 F1 分数。

Dec, 2023

提出一种在大规模生物医学语料库上训练的具有生物医学上下文依赖命名实体识别能力的领域特定语言模型 —— 生物医学 ALBERT，并在 8 个不同的医学 NER 基准数据集上展现出极高的性能表现，该模型可供未来研究使用。

Sep, 2020

通过利用通用领域的命名实体识别数据集进行迁移学习，本研究提出了一个简单而有效的方法 GERBERA，用于训练预训练的生物医学语言模型，该模型能在少量生物医学资源的情况下，对多个生物医学数据集进行命名实体识别，其表现优于使用多个附加生物医学数据集训练的基准模型。

Jun, 2024

NanoNER 是基于本体知识和远程监督学习的专业领域命名实体识别模型，在 Nano 生物学领域检测先前已知实体的识别准确性为 0.98，并展示了发现新实体的能力（精确度为 0.77 至 0.81），该方法对外部资源的依赖性和 30% 的识别减弱引发的重新发现能力得到了验证。该研究为未来专业领域命名实体识别研究提供了有价值的方法和重要发现，并能推广到其他专业领域，并减少人力资源占用。

Jan, 2024